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标题: 【转载】大分子的静电势处理方法（非原创） [打印本页]

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Author: ssp2493187 时间: 2017-1-6 11:09
标题: 【转载】大分子的静电势处理方法（非原创）
本帖最后由 ssp2493187 于 2017-1-10 10:18 编辑

我们遇到的分子比较大时，通过GV产生密度时速度会很慢并且一旦PC卡了就秒退了，耽误了时间还浪费电费，更可气的是如果你的PC内存特别低啥都不敢动，只能默默的看着，所以这里我分享一下我的做法。
1. 在服务器上通过cubegen命令对fchk文件操作，产生电子密度和静电势的两个cube文件，e.g.，
cubegen 0 density test.fchk Density.cube 0 h
cubegen 0 potential test.fchk Potential.cube 0 h
2. 用GV打开Potential.cube -- Cube Actions -- Load Cube （载入Density.cube）-- Surface Actions -- New Mapped Surface -- 确定即可之前在2群里交流过这个问题，版主Sob老师给出了理论的解释和依据，我在其他网站上找到了这个方法转给公社，我也试一下，结果出来再评价，请各位批评指正。谢谢！

经过我个人测试非常靠谱的方法，适合上百个原子的分子，用服务器搞定cube，GV得到静电势，感谢论坛，感谢sob老师

作者
Author: teller3531 时间: 2017-1-6 15:07
大分子用Mutiwfn是不是更方便，我算过150个原子的分子还是很快的
且功能比gview更全面。

作者
Author: qczgzly 时间: 2017-1-6 17:39
可以在Linux图形界面上使用Linux版gview观看格点文件产生的轮廓图，毫无压力~

作者
Author: sobereva 时间: 2017-1-6 20:02
Multiwfn串行计算电子密度的速度都比cubegen快很多，更不必提并行情况了，Multiwfn甩cubegen几条街，cubegen算电子密度都不支持并行
multiwfn设定格点比cubegen灵活得多，操作也更方便，根本不需要记忆命令行
除非算大体系静电势cube文件，否则cubegen和Multiwfn比根本没有丝毫存在意义

作者
Author: ssp2493187 时间: 2017-1-7 16:38

sobereva 发表于 2017-1-6 20:02
Multiwfn串行计算电子密度的速度都比cubegen快很多，更不必提并行情况了，Multiwfn甩cubegen几条街，cubege ...

谢谢sobereva老师的建议

作者
Author: ssp2493187 时间: 2017-1-7 16:45
我的分子600多个原子使用了各种方法，我的个人PC用Mutiwfn做这个分子的计算也是很吃力，带不动的，本着解决问题的思路找了个比较麻烦但是能解决燃眉之急的方案，当然我个人还是觉得把分子放在服务器中做Mutiwfn分析应该更快更精准吧，不过我在起步学习这个Mutiwfn，练习明白了再抛弃cubegen吧，哈哈

作者
Author: sobereva 时间: 2017-1-7 21:44

ssp2493187 发表于 2017-1-7 16:45
我的分子600多个原子使用了各种方法，我的个人PC用Mutiwfn做这个分子的计算也是很吃力，带不动的，本着解决 ...

对于电子密度，multiwfn算不动的情况cubegen一定算不动，对于十几核的服务器，cubegen会慢一个数量级以上。不是精准与否的问题，电子密度计算精准度都一样。

作者
Author: ssp2493187 时间: 2017-1-8 09:45

sobereva 发表于 2017-1-7 21:44
对于电子密度，multiwfn算不动的情况cubegen一定算不动，对于十几核的服务器，cubegen会慢一个数量级以上 ...

明白了，谢谢sobereva老师

作者
Author: ssp2493187 时间: 2017-1-9 09:56
本帖最后由 ssp2493187 于 2017-1-9 10:11 编辑

sobereva 发表于 2017-1-7 21:44
对于电子密度，multiwfn算不动的情况cubegen一定算不动，对于十几核的服务器，cubegen会慢一个数量级以上 ...

sob老师，cube文件我现在是得到了，但是我发现我在用GV进行投影的时候静电势的图只有一种颜色，但是按照我这个帖子进行的小分子测试时没有问题的，确确实实做出来了，按理来说即使是Mutiwfn或者其他方式得到cube文件都应该没问题啊（我用cubegen做的），那么出现这种问题的原因应该是什么呢？（这个分子是个600多个原子组成的双层酞菁衍生物），谢谢sob老师

作者
Author: sobereva 时间: 2017-1-9 10:10

ssp2493187 发表于 2017-1-9 09:56
sob老师，cube文件我现在是得到了，但是我发现我在用GV进行投影的时候静电势的图只有positive的图，选择n ...

什么叫negative没有了？截个图

作者
Author: ssp2493187 时间: 2017-1-9 11:04

sobereva 发表于 2017-1-9 10:10
什么叫negative没有了？截个图

sob老师我之前写的有误。现在情况是小分子的成功得到静电势了，但是大分子的是只有一种颜色，计算得到cube文件的方式和服务器也没有更换，应该不是GV不识别版本的问题，实在是不清楚原因，至于negative那个我看了是自己的认识有误，I am sorry!

作者
Author: sobereva 时间: 2017-1-9 11:24

ssp2493187 发表于 2017-1-9 11:04
sob老师我之前写的有误。现在情况是小分子的成功得到静电势了，但是大分子的是只有一种颜色，计算得到cub ...

你把光标在图上移动一下，看看状态栏里是否显示了不同位置静电势的不同数值，如果是的话，说明静电势计算对了，但可能色彩刻度设置不合理没显示出颜色差异，你再调调色彩刻度。

作者
Author: ssp2493187 时间: 2017-1-10 10:10

sobereva 发表于 2017-1-9 11:24
你把光标在图上移动一下，看看状态栏里是否显示了不同位置静电势的不同数值，如果是的话，说明静电势计算 ...

非常感谢sob老师，终于得到结果了，哈哈，拜谢拜谢，这段时间您提供的帮助实在是太大了，非常感激

作者
Author: ssp2493187 时间: 2017-1-10 10:18

qczgzly 发表于 2017-1-6 17:39
可以在Linux图形界面上使用Linux版gview观看格点文件产生的轮廓图，毫无压力~

谢谢您

作者
Author: ssp2493187 时间: 2017-1-10 10:19

teller3531 发表于 2017-1-6 15:07
大分子用Mutiwfn是不是更方便，我算过150个原子的分子还是很快的
且功能比gview更全面。

谢谢您的建议

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