计算化学公社

标题: 关于CPU运行效率以及核时的一些疑问 [打印本页]

作者
Author: zyd 时间: 2024-9-29 15:38
标题: 关于CPU运行效率以及核时的一些疑问
各位老师好，我们组第一次租用超算平台，有一些疑惑，还请各位老师指教
我提交任务之一为例：采用的节点数：1；核数：16；计算的小团簇体系关于吸附的结构优化（61个原子）
（1）提交高斯任务结束时，对比了.out文件的job cpu time（11小时）以及超算平台运行时长（一天13小时多），为什么会相差这么多呢。两者有什么必然关系吗
（2）这个CPU运行效率为啥这么低（6%左右），这是不是严重浪费了核时。怎样设置才能合理利用呢。
（3）超算平台要怎么选择（这一天4个任务就快两百多，虽然不花我的钱，但是也有点心疼）
希望各位老师能够指教，非常感谢

作者
Author: abin 时间: 2024-9-29 19:00
查一下，当前高斯输出中，第一次Link 1
对应的时间。

而后和输出文件中最后一个做差……

另，高斯跑56核心，不太合算吧？
不过你们的用法是节点独占模式……

作者
Author: zyd 时间: 2024-9-30 08:45

abin 发表于 2024-9-29 19:00
查一下，当前高斯输出中，第一次Link 1
对应的时间。

感谢您的回复，那个时间的问题确实和您说的那样需要这样看才对。另外您说的56核心是什么意思呢，我这应该设置的16核心/节点；内存56GB.应该没没错吧，

。还有虚心请教一下这怎么看节点独占模式呢，还有其他模式吗

作者
Author: abin 时间: 2024-9-30 10:11

zyd 发表于 2024-9-30 08:45
感谢您的回复，那个时间的问题确实和您说的那样需要这样看才对。另外您说的56核心是什么意思呢，我这应该 ...

56，我看错了，
可能把16看成56了……

从输出文件找到的时间，和调度器报告的差不多吧？

作者
Author: rugals 时间: 2024-10-2 17:19
1 你这是单纯的opt还是opt+freq？如果是后者，你看到的11小时是freq的时间，前面还有opt的时间你没算。
2 6.25%*16=100%
3 一个任务600核时，四个2500核时左右，按照目前市场1毛/核时的主流价格算比较正常的。租超算就是这样，看起来1毛很便宜，实际搞起来就是疯狂砸钱。

顺带一说，你只用了16核和56GB内存，我不相信这超算这么小，连个主流工作站水平都达不到。如果你后面的计算也沿用这个设置，那还不如直接买个服务器工作站。

作者
Author: LetsQu1t 时间: 2024-10-10 07:37
感觉你输出文件里的时间也不对啊。Elapsed time就是wall-clock time，而CPU time类似于是核时的概念。你这里用了16个物理核心，这两个数值的比应该就差不多是十六啊。

作者
Author: zyd 时间: 2024-10-10 14:41

rugals 发表于 2024-10-2 17:19
1 你这是单纯的opt还是opt+freq？如果是后者，你看到的11小时是freq的时间，前面还有opt的时间你没算。
2 ...

非常感谢您的解惑。您的回答对我很有帮助。我那个核数就是测试一下呀

作者
Author: xxqcn 时间: 2024-10-30 12:28
两部计算, 只看了一个时间吧.

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)