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标题: pdb2gmx怎么得到环肽的拓扑文件 [打印本页]

作者
Author: 乐乐乐 时间: 2024-9-29 16:43
标题: pdb2gmx怎么得到环肽的拓扑文件
我试了一个简单的环肽，但始终无法得到一个闭口的拓扑文件。

作者
Author: lyj714 时间: 2024-9-29 17:10
gmx什么版本

作者
Author: 乐乐乐 时间: 2024-9-29 17:32

lyj714 发表于 2024-9-29 17:10
gmx什么版本

我用的http://sobereva.com/458里编辑的的windows2018.8CPU版和2020.3 CUDA GPU加速版，两个版本都输入命令>gmx pdb2gmx -f step3.pdb -o all.gro；都不行

作者
Author: lyj714 时间: 2024-9-29 20:00

乐乐乐发表于 2024-9-29 17:32
我用的http://sobereva.com/458里编辑的的windows2018.8CPU版和2020.3 CUDA GPU加速版，两个版本都输入命 ...

太低了，不支持。最好用2022及以后的gmx处理环肽。

作者
Author: 乐乐乐 时间: 2024-9-29 20:23

lyj714 发表于 2024-9-29 20:00
太低了，不支持。最好用2022及以后的gmx处理环肽。

2022的能自动识别？还是说要输入特殊命令？

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-9-30 11:53

乐乐乐发表于 2024-9-29 20:23
2022的能自动识别？还是说要输入特殊命令？

pdb文件里键连关系正确的话，用pdb2gmx自动会生成正常的拓扑

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