计算化学公社

标题: gromacs 模拟蛋白质和配体复合物后，RMSD波动很大，用了不同命令处理不知道是否合理 [打印本页]

作者
Author: 雨中宇 时间: 2024-9-30 10:57
标题: gromacs 模拟蛋白质和配体复合物后，RMSD波动很大，用了不同命令处理不知道是否合理
本帖最后由雨中宇于 2024-9-30 11:01 编辑

各位老师好，我最近在进行蛋白质配体复合物模拟，在进行RMSD值分析的过程中RMSD值突越，我使用了-pbc mol 命令效果并不好，观察轨迹发现配体分子在盒子上下来回跳跃，又使用了-center命令，将蛋白质和配体复合物作为输入，将系统作为输出，观测轨迹仍然有配体分子来回穿越盒子的问题，导致RMSD波动还是很大。
我于是使用了-cluster - pbc cluster 命令输出一条新的xtc文件，然后用VMD观察，配体不会出现上下跨越盒子的问题，请问这么分析可以吗，因为RMSD还没有稳定准备在续跑200 ns看看情况

作者
Author: sobereva 时间: 2024-10-1 03:29
可以。这都是下文专门说过的情况
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

作者
Author: LJZZZZ 时间: 2025-10-9 11:12

sobereva 发表于 2024-10-1 03:29
可以。这都是下文专门说过的情况
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（h ...

sob老师我想问，我已经确定了RMSD达到平衡，但我导出Rg数据作图后波动很大，该怎么去解释呢

作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-9 13:52

LJZZZZ 发表于 2025-10-9 11:12
sob老师我想问，我已经确定了RMSD达到平衡，但我导出Rg数据作图后波动很大，该怎么去解释呢

根据Rg的定义，结合VMD看轨迹图像判断情况

作者
Author: friend 时间: 2026-1-8 20:05
本帖最后由 friend 于 2026-1-8 20:10 编辑

LJZZZZ 发表于 2025-10-9 11:12
sob老师我想问，我已经确定了RMSD达到平衡，但我导出Rg数据作图后波动很大，该怎么去解释呢

你好，楼主，请问一下，您的这个问题解决了吗？我在模拟的时候也出现了这个情况。

作者
Author: beyond 时间: 2026-1-9 01:27
RMSD达到了1.5~2.0 nm，很大了，通常蛋白的backbone的RMSD不会这么大
也需要好好检查一下

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)