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标题: Justin Lemkul的jpcb新教程及与其mdtutorials内容初步比较 [打印本页]

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Author: student0618 时间: 2024-10-1 01:29
标题: Justin Lemkul的jpcb新教程及与其mdtutorials内容初步比较
本帖最后由 student0618 于 2024-10-1 03:09 编辑

刚刚见到Justin A. Lemkul的新版本GROMACS教程发jpcb了，文章是open access免费下载的，网址为：
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jpcb.4c04901
输入文件在github：
https://github.com/Lemkul-Lab/gmx_tutorials_jpcb

快速看了一下他这新教程(下称jpcb教程)，与Justin以前放www.mdtutorials.com的教程(下称mdtutorials教程)作个初步的比较并在此总结一下。

这个jpcb教程只有3个示例，都是纯蛋白，没有非标准残基和膜。示例都一致用CHARMM36m力场了，蛋白都换成比较小的，也加了一些bash/python脚本。或许是篇幅所限，jpcb教程主要是示范MD不同步骤，没有如mdtutorials教程般详尽的解说。例如mdtutorials教程有解释mdp输入文件内容或是伞形采样的基本理论，但jpcb教程没有。

jpcb教程的示例一是基本蛋白+水，100ns，模拟比mdtutorials教程的长，也分了两段50ns轨迹以示范如何续跑、续跑后如何用trjcat合并。分析方面多了hbond氢键、dssp二级结构、PCA。
示例二是蛋白-多肽体系，二者有二硫键连接。蛋白用pymol补缺失原子及加N-端和C-端的cap。
示例三是短肽的伞形采样，重要的是free energy surface自由能面有加error estimation了。

Remarks：

Justin的旧版教程网站www.mdtutorials.com及相关的LiveCoMS文章都没有更新(截至2024年9月30日)。不知道他以后会不会补其他体系的教程或是更新他的网页。
我只快速比较了一下两份教程，目前自己对专有名词的中文翻译还是不太了解，如有错漏或补充欢迎各位提出。

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