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标题: 求助：如何用tleap的bond命令做分子间键连 [打印本页]

作者
Author: aw10279 时间: 2024-10-1 16:12
标题: 求助：如何用tleap的bond命令做分子间键连
本帖最后由 aw10279 于 2024-10-6 22:52 编辑

最近学习用Amber做模拟，遇到一个建模问题想请教各位大佬：
我想用tleap中得分bond命令连接HEME的Fe与下方半胱氨酸（用的残基名是CYX）的SG，同时我有一个frcmod文件，里面包含了连接后和这两个原子相关的键长和键角参数.我在tleap中用desc命令确认了两个原子的原子类型就是fe和S之后，执行如下操作：
source leaprc.protein.ff19SB
source leaprc.gaff
source leaprc.water.tip3p
loadamberparams hem.frcmod
pro=loadpdb p450.pdb
hem=loadmol2 hem.mol2
bond pro.364.SG hem.1.FE
com=combine{pro hem}
charge com
addions com Na+ 0
solvatebox com TIP3PBOX 10.0
saveamberparm com solv_ions.prmtop solv_ions.inpcrd

整个过程没有报错，中间用的desc查看原子也显示二者已经连接，但是在模拟后发现FE和SG并没有真正链接，很快就跑开了。这个操作是不是存在什么问题，要如何实现这个连接问题？如果tleap不能解决，是否可以手动添加参数？之前用gromacs修改top比较方便，Amber实在搞得有点头大，希望各位大佬指点一下，谢谢.

作者
Author: student0618 时间: 2024-10-2 00:21
本帖最后由 student0618 于 2024-10-2 00:27 编辑

可参考一下Amber官网教程有关metal ion (bonded model, MCPB) 和手册parmed 的部分。

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