计算化学公社

标题: 使用cp2k计算大体系的REPEAT电荷内存不足怎么解决？ [打印本页]

作者
Author: Wenchuan 时间: 2024-10-2 22:24
标题: 使用cp2k计算大体系的REPEAT电荷内存不足怎么解决？
我想使用cp2k计算含有2436个原子的MOF大体系的REPEAT电荷，结构为 (, 下载次数 Times of downloads: 7) ，cp2k输入文件为 (, 下载次数 Times of downloads: 7) ，使用128G内存仍然无法计算，有什么解决方法吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-10-3 01:12
把真空区弄小点，还不行就找更大内存机子，也尝试并行进程弄数少点

作者
Author: Wenchuan 时间: 2024-10-3 10:32
本帖最后由 Wenchuan 于 2024-10-3 11:42 编辑

sobereva 发表于 2024-10-3 01:12
把真空区弄小点，还不行就找更大内存机子，也尝试并行进程弄数少点

感谢解答，尝试各种方法后需要的内存还是太大，我只能减小结构。如果不减小结构采用sobtop+GROMACS模拟MOF、COF体系时可以用的快速计算原子电荷的方法：PACMAN - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社 (keinsci.com)介绍的PACMAN方法感觉挺快，先用这个方法试试。

作者
Author: HAC 时间: 2024-10-4 00:04

sobereva 发表于 2024-10-3 01:12
把真空区弄小点，还不行就找更大内存机子，也尝试并行进程弄数少点

老师，请问算振动频率显示内存不足，也是这三个解决方法吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-10-4 00:27

HAC 发表于 2024-10-4 00:04
老师，请问算振动频率显示内存不足，也是这三个解决方法吗？

拿具体输入文件、计算资源说事

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