计算化学公社

标题: 想做分子间作用力的模拟，请问GROMACS、MS、VMD的区别 [打印本页]

作者
Author: wz2403 时间: 2024-10-3 22:42
标题: 想做分子间作用力的模拟，请问GROMACS、MS、VMD的区别
分子模拟的小白，请问一下，想做分子间作用力的模拟，GROMACS、MS、VMD的区别，学哪一个比较好啊，谢谢！

作者
Author: student0618 时间: 2024-10-4 00:17
本帖最后由 student0618 于 2024-10-4 00:18 编辑

“分子间作用力”不够具体，很难说要用什么。

GROMACS是免费开源的分子动力学软件，被广泛应用于不同领域的研究，包括但不限于生物分子、材料等体系。

VMD 是可视化软件，免费的，用来可视化分子结构、分析如GROMACS跑出来的分子模拟轨迹、生成图片等等。GROMACS跑完可以用它来观看分析结果。

MS 是收费的。

至于要学哪个？先看研究目的、是要用什么方法(分子模拟？量化？etc...)然后论坛爬一下文、搜一下相关文献用什么软件，相信不难作决定。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-10-4 00:52
M$基本上毫无用处，又贵又弱又慢又不灵活，内行人又用得非常少（我更是从来不用）、而且用户数越来越少，学那个玩意毫无前途，而且最后不花非常昂贵的版权费文章还没发发表（除非找人挂名），基本上就是个昂贵的大玩具。对于做分子动力学而言，M$的forcite的速度和用户数都只有免费的GROMACS的一个零头。

“分子间作用力的模拟”没有唯一研究手段，既可以是量子化学（研究复合物结构、相互作用能、波函数分析探讨本质，看http://sobereva.com/252，等等），也可以是基于力场的分子动力学（研究复合物或凝聚相的动态行为、动力学稳定性等），也可以是第一性原理（研究固体表面或多孔物质吸附分子的结构、吸附能等等）

VMD是可视化程序，作为研究的前端和后端，跟用于计算的GROMACS、M$毫无可比性（虽然M$也有可视化的GUI，但图像效果、速度和灵活性远不及VMD）。

如果量子化学方法研究，学以下课程
北京科音初级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KEQC_content.html）
北京科音中级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KBQC_content.html）

如果用基于力场的动力学方法研究，学北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）

如果第一性原理研究，学北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html），但学这个需要先有北京科音初级量子化学培训班的知识基础

研究分子间相互作用问题如今几乎离不开Multiwfn做波函数分析，可用的方法汇总见《Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览》（http://sobereva.com/252），量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班（http://www.keinsci.com/workshop/WFN_content.html）里专有一节“弱相互作用分析”，对此极为重要。

量子化学研究分子间相互作用的典型例子：
18碳环与小分子的弱相互作用强度和本质，18碳环二聚体的pi-pi堆积和动力学行为：Carbon, 171, 514 (2021) DOI: 10.1016/j.carbon.2020.09.048。文章内容的深入浅出的介绍+详细评注：《全面探究18碳环独特的分子间相互作用与pi-pi堆积特征》（http://sobereva.com/572）
碳环与富勒烯的分子间相互作用的全面研究：Chem. Eur. J., 30, e202402227 (2024) https://chemistry-europe.onlinel ... 1002/chem.202402227
静电效应主导了氢气、氮气二聚体的构型
http://sobereva.com/209

前述研究手段可以互相结合，以获得更丰富的信息和视角，比如量子化学与分子动力学共同研究的例子：
8字形双环分子对18碳环的独特吸附行为的量子化学、波函数分析与分子动力学研究
http://sobereva.com/674（http://bbs.keinsci.com/thread-38312-1-1.html）

并且建议把下文看了
辨析计算化学中的任务类型和理论方法
http://sobereva.com/680（http://bbs.keinsci.com/thread-38982-1-1.html）

作者
Author: 1154975925 时间: 2024-10-17 14:57
VMD是用来处理轨迹文件的又不是用来模拟

作者
Author: wz2403 时间: 2024-11-16 13:50

sobereva 发表于 2024-10-4 00:52
M$基本上毫无用处，又贵又弱又慢又不灵活，内行人又用得非常少（我更是从来不用）、而且用户数越来越少，学 ...

感谢，已经报名本次21日的初级量子化学的班认真学习。

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