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标题: cp2k跑aimd，生成的pdb文件在使用mdtraj转化为deepmd可读入文件时，报错说pdb文件g... [打印本页]

作者
Author: wzdns 时间: 2024-10-4 11:51
标题: cp2k跑aimd，生成的pdb文件在使用mdtraj转化为deepmd可读入文件时，报错说pdb文件g...
(, 下载次数 Times of downloads: 5) (, 下载次数 Times of downloads: 7) 脚本和pdb文件图片还有报错见附图，之前还是能正常转化的，但是在我从新安装了新版本的anaconda和插件后报错，老版本的mdtraj也试过还是错，但是报班的那个老师那里说没错，也解决不了

作者
Author: wzdns 时间: 2024-10-4 11:56
脚本是为了把pdb文件和energy文件整和到一起，各位老师是否有其他转化的方法呢？

作者
Author: Weldingspock 时间: 2024-10-4 12:29
我记得cp2kdata一直都不能转pdb文件，你把pdb文件转成.xyz再加.cell文件再用cp2kdata弄就好了

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2024-10-4 16:34
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2024-11-6 10:59 编辑

已编辑，请无视此帖

作者
Author: 喝杯热水 时间: 2024-10-6 10:45
本帖最后由喝杯热水于 2024-10-6 10:47 编辑

mdtraj也可以转换cp2k的文件到deepmd可读取吗？我去学一下看看。

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