计算化学公社

标题: orca如何模拟自由基攻击环丙沙星分子 [打印本页]

作者
Author: lingchen 时间: 2024-10-5 14:26
标题: orca如何模拟自由基攻击环丙沙星分子
我想用orca对环丙沙星高级氧化降解路径进行模拟计算，例如用羟基自由基攻击环丙沙星分子，这个软件可以自动寻找分子中最弱的位置进行攻击吗，如果不可以的话如何通过代码实现自由基攻击指定的位置，以及对后续生成的中间产物进行分析推测

作者
Author: sobereva 时间: 2024-10-6 01:38
没法自动寻找
自己计算不同位点的反应势垒进行对比
这属于非常标准的计算，如果没有任何量子化学计算化学反应问题的经验可以通过北京科音初级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KEQC_content.html）系统性学习，怎么建模、摆初猜结构、计算、分析查看结果都讲了

不要乱用“代码”这个词，仔细看
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）

作者
Author: aslyl 时间: 2025-5-28 15:59

sobereva 发表于 2024-10-6 01:38
没法自动寻找
自己计算不同位点的反应势垒进行对比
这属于非常标准的计算，如果没有任何量子化学计算化学 ...

您好老师，我刚参加了23届初级班，收获了很多，但仍然有很多不懂的，在帖子上找相关问题解答，借这个帖子请教一下您。
我的反应是有机物分子和自由基反应，我想计算HAA、RAF、SET的热力学数据，并且通过自由能垒来判断反应位点。我的问题如下：
1、看文献中有的图只有R-TS-P，有的文献中图还有IM，想请问这个中间体是如何找到的。关于反应物和生成物的热力学数据是用IRC得到的结构吗还是做过渡态搜索时初猜的结构（这里我还有一个疑问，讲义上说如果不确定反应物和生成物结构，可以用IRC来得到。文献中给出了例如HAA的反应方程式，是否可以用来做生成物的结构呢）
2、关于SET途径，我查到可以用marcus理论考虑单电子转移，但不清楚如何做。（上面提到的公式，例如某有机分子和羟基反应生成了该有机分子的质子和氢氧根，是否用生成物减去反应物就可以，如果是的话，是否分别计算生成物C和D的吉布斯自由能的和再减去反应物A和B的值）
3、想请问一下单线态氧、超氧自由基、羟基和硫酸根自由基的电荷和自旋多重度设置为0,1；-1,2；0,2；-1,2是否正确。
另外，问个题外的问题，我的催化材料是非晶态的合金，合金成分有5种元素，除了上面提到的自由基与反应物分子的反应热力学数据计算以外，也想从材料方面算一算，不知道CP2K班是否合适（初步了解是用晶体结构来搭建模型，不知道非晶态的体系适不适合）

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-5-28 16:59

aslyl 发表于 2025-5-28 15:59
您好老师，我刚参加了23届初级班，收获了很多，但仍然有很多不懂的，在帖子上找相关问题解答，借这个帖子 ...

HAA、RAF不是化学领域通用的缩写，应当给出全称

作者
Author: aslyl 时间: 2025-5-28 17:08

wzkchem5 发表于 2025-5-28 16:59
HAA、RAF不是化学领域通用的缩写，应当给出全称

您好老师，全称如下：
HAA (hydrogen atom abstraction)
RAF (radical adduct formation)
SET (single electron transfer)

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-29 07:23

aslyl 发表于 2025-5-28 15:59
您好老师，我刚参加了23届初级班，收获了很多，但仍然有很多不懂的，在帖子上找相关问题解答，借这个帖子 ...

1 根据预期的机理，摆合适的初猜优化极小点得到IM。如果有了前一步或后一步反应的TS，对其跑IRC，对末端进行优化也能得到相连的IM。可以根据反应式画恰当的初猜优化产物结构。

2 照常计算产物和反应物热力学数据求差就完了。是

3 如果你是指超氧阴离子自由基[O2]-，正确

北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/KFP）合适。非晶态结构建模后通常需要跑动力学获得合理结构，CP2K可以做到。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)