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标题: 对NaCl熔盐MD模拟,使用gmx计算Cl的MSD时程序报错 [打印本页]

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夜灯-小凡    时间: 2024-10-6 10:38
标题: 对NaCl熔盐MD模拟,使用gmx计算Cl的MSD时程序报错
本帖最后由 夜灯-小凡 于 2024-10-7 11:54 编辑

各位老师,学生在学习CP2K的分子动力学模拟时(北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html)的讲义),计算MSD时遇到与讲义不同的报错结果,最终输出结果为“Frame 1 has non-integral time 0.002000”,无法计算MSD。具体流程和输出信息如下图:




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sobereva    时间: 2024-10-7 02:09
无效提问,图也没有
说“讲义”、“论文”、“教程”、“帖子”之类的时候都一律说清楚具体指什么,下文强调了
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html

没前提我只能假定你说的是北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html)的讲义

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夜灯-小凡    时间: 2024-10-7 11:54
sobereva 发表于 2024-10-7 02:09
无效提问,图也没有
说“讲义”、“论文”、“教程”、“帖子”之类的时候都一律说清楚具体指什么,下文强 ...

不好意思老师,图片用得外链结果外链挂了没显示出来,已上传新的能够正常显示的附件QAQ
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sobereva    时间: 2024-10-7 12:57
用比较经典的比如gmx 2018.8试试(如果处理我课上给的文件、重复讲义里的例子都有这个问题的话,那8成就是gmx当前版本的问题)
也可以尝试双精度版本gmx
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夜灯-小凡    时间: 2024-10-7 17:44
sobereva 发表于 2024-10-7 12:57
用比较经典的比如gmx 2018.8试试(如果处理我课上给的文件、重复讲义里的例子都有这个问题的话,那8成就是g ...

更换了2018版本的gromacs,问题完美的解决了,得到了与讲义一致的结果,感谢卢老师!




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