计算化学公社

标题: 关于模拟将小分子溶于自定义溶剂中出现No box information for solvent问题 [打印本页]

作者
Author: 暮晨 时间: 2024-10-6 20:28
标题: 关于模拟将小分子溶于自定义溶剂中出现No box information for solvent问题
我做的内容是模拟小分子之间的分子对接，我依据的是gmx solvate -cp water.gro -cs Carbon.gro -p water.top -o conf.gro
这串代码来构建小分子A溶解于自定义溶剂中。但是在构建这个溶解模型的过程中，gromacs出现报错，报错的内容为No box information for solvent in m.gro, please use a properly formatted file。我想问下这个问题应该怎么解决？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2024-10-7 02:06
这叫命令，不叫代码，仔细看
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）

你的做法不对，参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）ppt里面的例子（ppt里caffeine.gro是咖啡因的结构文件）

(, 下载次数 Times of downloads: 5)

(, 下载次数 Times of downloads: 3)

作者
Author: 暮晨 时间: 2024-10-9 11:13

sobereva 发表于 2024-10-7 02:06
这叫命令，不叫代码，仔细看
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs. ...

感谢大神指导

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)