计算化学公社

标题: 关于gmx hbond命令中使用-ac遇到时间上只分析了一半的问题 [打印本页]

作者
Author: YuniJ 时间: 2024-10-7 15:02
标题: 关于gmx hbond命令中使用-ac遇到时间上只分析了一半的问题
使用gmx hbond -ac命令想要分析氢键的稳定性，系统轨迹是100ns，但是得到的xvg文件中只分析到了49999（50ns）,请问这是什么原因造成的呢？

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2024-10-8 09:47
把-acflen设置一下就可以了

作者
Author: YuniJ 时间: 2024-10-8 10:20

Lacrimosa 发表于 2024-10-8 09:47
把-acflen设置一下就可以了

好的，谢谢您

作者
Author: YuniJ 时间: 2024-10-8 10:33

Lacrimosa 发表于 2024-10-8 09:47
把-acflen设置一下就可以了

请问氢键的平均寿命必须计算protein和water之间的吗？可以计算protein-ligand之间的吗？

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2024-10-8 16:49

YuniJ 发表于 2024-10-8 10:33
请问氢键的平均寿命必须计算protein和water之间的吗？可以计算protein-ligand之间的吗？

不同类型的氢键寿命也不一样，具体算哪种要根据问题而定

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