计算化学公社

标题: 在Material studio中如何把DFT-D3加进去？ [打印本页]

作者
Author: zhaoquanyou 时间: 2024-10-8 17:40
标题: 在Material studio中如何把DFT-D3加进去？
投稿的时候遇到了问题，想知道在Material studio中如何把DFT-D3加进去，找了好久没找到对应的方法。作者在计算部分采用了几个有问题的做法。例如，当他们使用DFT-D校正来解释色散力时，他们应该考虑DFT-D3或DFT-D4，它们提供更好的性能。

作者
Author: zhaoquanyou 时间: 2024-10-8 17:40
对了，我是用Material studio的CASTEP模块算的

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-10-8 17:47
https://castep-docs.github.io/ca ... on/Groundstate/dftd

另外，若审稿意见是英文，应当复制到帖子中，不应自己翻译然后贴中文。

作者
Author: zhaoquanyou 时间: 2024-10-8 17:51

zjxitcc 发表于 2024-10-8 17:47
https://castep-docs.github.io/ca ... on/Groundstate/dftd

另外，若审稿意见是英文，应当复制到帖子中 ...

好的好的，十分感谢

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-10-8 19:18
MS CASTEP可能不同于独立的学术版CASTEP，老版本可能只有DFT-TS和DFT-D2，新版本多了个DFT-MBD。这样一来大概有这几种方式：
1、TS、D2、MBD三种方法里面可能MBD的数据还算OK，那么你就需要先去找文献核实这个结论MBD还算过得去，然后再用DFT-MBD重新算一遍。
2、通过python ase调用MS CASTEP计算能量和力等，同时可以外挂DFT-D3或者DFT-D4等等，然后用ase的优化器进行结构优化等过程。里面存在着一些坑，比如ase调用CASTEP的接口有可能并不是MS的CASTEP，那么就得自己去写个接口。
3、去申请个学术版的CASTEP，然后编译的时候挂DFT-D3，我没有相关经验不知道会遇到什么坑。
4、DFT-D3也并非无懈可击，确实存在一些体系加了不如不加，或者还不如D2的结果，或是也许和D2的结果差异对你的体系或者类似体系可以忽略不计，这种情况可以找足够的文献作为证据支撑，但买不买账还得看审稿人。

作者
Author: zhaoquanyou 时间: 2024-10-8 19:21

卡开发发发表于 2024-10-8 19:18
MS CASTEP可能不同于独立的学术版CASTEP，老版本可能只有DFT-TS和DFT-D2，新版本多了个DFT-MBD。这样一来大 ...

好的，谢谢了，就是审稿人问的，, while they used the DFT-D correction to account for dispersion forces, they should have considered DFT-D3 or DFT-D4, which offer better performance. 也没办法去解决，以后还是学VASP吧

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-10-8 19:39

zhaoquanyou 发表于 2024-10-8 19:21
好的，谢谢了，就是审稿人问的，, while they used the DFT-D correction to account for dispersion for ...

据我所知MBD应该还可以，DFT-D2和TS显然太容易被问了，尤其是审稿人对一些corner case不太清楚的情况很容易想当然问一些东西。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-10-9 03:47
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “DFT-D3” 改了，以后务必注意！下次将删帖+扣分处理!

作者
Author: sobereva 时间: 2024-10-9 03:47

zhaoquanyou 发表于 2024-10-8 17:40
对了，我是用Material studio的CASTEP模块算的

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-10-9 03:48

zhaoquanyou 发表于 2024-10-8 19:21
好的，谢谢了，就是审稿人问的，, while they used the DFT-D correction to account for dispersion for ...

免费的CP2K支持DFT-D3和D4，算大体系速度远快于VASP，本论坛里流行程度已超过VASP：
2024年计算化学公社举办的计算化学程序和DFT泛函的流行程度投票结果
http://sobereva.com/706（http://bbs.keinsci.com/thread-45272-1-1.html）

作者
Author: zhaoquanyou 时间: 2024-10-9 14:55
好的好的，我会注意发帖不规范的问题，但是CP2K感觉不太好上手，在网上找不到比较系统的课程，后续也会学习一下，感谢社长

作者
Author: zhangbo11011 时间: 2024-12-16 10:09
MS 2024有D4色散，但是目前找不知道在哪里下这个版本

作者
Author: yanni117164 时间: 2025-2-10 12:47
请问您是如何回复的？我也是用ms的castep计算的，审稿人问了同样的问题。能加wx请教下否？

作者
Author: 牧生 时间: 2025-2-10 16:05

zhangbo11011 发表于 2024-12-16 10:09
MS 2024有D4色散，但是目前找不知道在哪里下这个版本

在一个豆芽菜文字的下载站

作者
Author: zhaoquanyou 时间: 2025-2-10 19:11

牧生发表于 2025-2-10 16:05
在一个豆芽菜文字的下载站

你好大神，这个我搜不到，能详细的说一下吗

作者
Author: zhaoquanyou 时间: 2025-2-10 19:30

yanni117164 发表于 2025-2-10 12:47
请问您是如何回复的？我也是用ms的castep计算的，审稿人问了同样的问题。能加wx请教下否？

我就一直道歉，然后说了一下是MS这个软件不支持D3色散校正，然后说接下来的工作会使用其他的软件对计算的问题进行完善，我这么说也是没办法，你也碰到这个问题了，因为当时也是确实不会其他的软件，也是从最近开始学习vasp和cp2k的，发现他们加D3（BJ）是真的很简单。

作者
Author: yanni117164 时间: 2025-2-13 10:25

zhaoquanyou 发表于 2025-2-10 19:30
我就一直道歉，然后说了一下是MS这个软件不支持D3色散校正，然后说接下来的工作会使用其他的软件对计算的 ...

对的，我现在在修改。不知道该咋弄，我初始用的是DFT_D Grimme, 我在HELP文档中没搜到D2和D3，话说有D2吗？

作者
Author: Santz 时间: 2025-2-13 10:38

zhaoquanyou 发表于 2025-2-10 19:11
你好大神，这个我搜不到，能详细的说一下吗

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