计算化学公社

标题: 过渡金属Mn(PF6)2的结构优化无法收敛 [打印本页]

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Author: Gingerhead-Xiao 时间: 2024-10-8 18:50
标题: 过渡金属Mn(PF6)2的结构优化无法收敛

各位老师大家好，本人小白初接触Gaussview，使用版本是Gaussview6.0.16。向大家求助下针对Mn(PF6)2进行结构优化，使用了多种方法尝试后最终都显示无法收敛，请各位老师指正下我哪里出错了。在此过程犯了很多小白的错误，希望大家不要介意

，谢谢大家！

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-10-8 19:05
本帖最后由 zjxitcc 于 2024-10-8 19:07 编辑

PF6往往以[PF6]-阴离子形式存在，但Mn的电荷和自旋多重度有很多种可能。换句话说，你这个体系的来源（例如实验表征，单胞是什么样的；来自某个反应的中间体）决定了它的电荷和自旋多重度。当前中性、二重态确定是你想算的吗？计算化学不等于建好了结构就开始一通计算，而是要先清楚地定义研究的体系；如果不清楚，应该立即找导师或实验室师兄师姐咨询。

注意，不要以为体系电荷是肉眼看几何结构判断出来的，也不要去搜“如何判断体系电荷”；体系电荷要看具体研究问题/研究背景是什么、这个体系是怎么来的。
另外，文件名不要带空格。

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Author: wzkchem5 时间: 2024-10-8 20:10
此外，由Mn2+和F-的半径判断初始结构里Mn-F距离是否太近，由你计算的目的判断是否需要加溶剂或做周期性计算

作者
Author: Gingerhead-Xiao 时间: 2024-10-8 22:24

zjxitcc 发表于 2024-10-8 19:05
PF6往往以-阴离子形式存在，但Mn的电荷和自旋多重度有很多种可能。换句话说，你这个体系的来源（例如实验表 ...

好的老师，谢谢您指正。我实验目的是想看下Mn(PF6)2在真空条件下的HOMO和LUMO能级。您提到的中性，二重态这块我不能确定是否需要计算，请问在哪里可以比较系统地学习到如何判断您提到的这些？我想好好学习下。。我也清楚自己欠缺很多内容，只能慢慢积累学习。我们实验室刚组建，计算方面没有什么基础，这块目前主要靠自己。。。感谢您回复，让我学习到了很多

作者
Author: Gingerhead-Xiao 时间: 2024-10-8 22:29

wzkchem5 发表于 2024-10-8 20:10
此外，由Mn2+和F-的半径判断初始结构里Mn-F距离是否太近，由你计算的目的判断是否需要加溶剂或做周期性计算

谢谢老师的回复~我计算目的是想看下真空中Mn(PF6)2的HOMO和LUMO能级，请问距离的远近会影响最终的收敛结果吗？实际状态下应该会有三种溶剂，但是目前我对于加溶剂模型这块还不太懂。。。还有老师您提到的周期性计算方法有相关学习的途径吗？再次谢谢，麻烦您了。。。

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Author: sobereva 时间: 2024-10-9 03:52

Gingerhead-Xiao 发表于 2024-10-8 22:24
好的老师，谢谢您指正。我实验目的是想看下Mn(PF6)2在真空条件下的HOMO和LUMO能级。您提到的中性，二重态 ...

北京科音初级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KEQC_content.html）有非常系统的教学，极其适合你当前的阶段参加，一次性学明白，少走无数弯路。倘若参加过，就绝对不会建出当前这么离谱的结构

作者
Author: sobereva 时间: 2024-10-9 03:53

Gingerhead-Xiao 发表于 2024-10-8 22:29
谢谢老师的回复~我计算目的是想看下真空中Mn(PF6)2的HOMO和LUMO能级，请问距离的远近会影响最终的收敛结 ...

如果学习周期性计算，参加北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html），讲得极为系统，但需要先有初级量子化学培训班的背景知识作为基础

作者
Author: sobereva 时间: 2024-10-9 03:55

Gingerhead-Xiao 发表于 2024-10-8 22:29
谢谢老师的回复~我计算目的是想看下真空中Mn(PF6)2的HOMO和LUMO能级，请问距离的远近会影响最终的收敛结 ...

当前原子间距离明显太近，电子结构诡异，不仅SCF极难收敛，而且就算收敛了结果也根本毫无意义。而且净电荷设得也明显不当，结果毫无意义。没有基本常识的情况下这么试着瞎算纯粹是白耽误工夫。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-10-9 09:13

Gingerhead-Xiao 发表于 2024-10-8 15:29
谢谢老师的回复~我计算目的是想看下真空中Mn(PF6)2的HOMO和LUMO能级，请问距离的远近会影响最终的收敛结 ...

从头学量化吧，你现在的状态一个月内是学不到能做这种计算的程度的

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-10-9 11:28
本帖最后由 zjxitcc 于 2024-10-9 11:47 编辑

Gingerhead-Xiao 发表于 2024-10-8 22:24
好的老师，谢谢您指正。我实验目的是想看下Mn(PF6)2在真空条件下的HOMO和LUMO能级。您提到的中性，二重态 ...

把这个帖子给你导师看，然后请他手把手教你。若导师完全不懂计算，建议您转组；若不想转组，请导师将你送到专业做方法开发/理论计算的课题组联培。
计算化学不等于 “哦我有一台电脑但是我啥也不懂我就可以开始做计算”，也不等于“我啥也不懂量化课也没上过但是我导师安排我做计算我就做”。

当然了，你也可以不信大家说的门槛，心急硬要算，随便列举几个你要想清楚的入门级问题，想不明白就问导师：
（1）你要算的体系是孤立分子Mn(PF6)2？还是周期性的Mn(PF6)2离子晶体？如果是孤立分子，只算一个单体分子对你的研究问题是否足够？如果晶体，是否有实验上合成的晶体数据，例如cif文件？
（2）待确定研究孤立分子还是晶体后，那目前这个结构是否合理？如何获得（更）合理的初始结构？
（3）待结构确定后，这个体系的电荷如何确定？（例如，我们知道实验合成的晶体 cif文件里单胞是中性的；又比如我刚设计了一个精巧的实验，Mn(PF6)2是我这某反应的中间体，我知道它是怎么产生的，并且知道它是中性的）
（4）待体系电荷确定后，这个体系的自旋多重度是多少？实验上是否早已测过磁矩/已证明没有磁性/已知晓有几个未成对电子？

作者
Author: Gingerhead-Xiao 时间: 2024-10-9 15:11

wzkchem5 发表于 2024-10-9 09:13
从头学量化吧，你现在的状态一个月内是学不到能做这种计算的程度的

谢谢老师，我先暂停手上任务，从头补量化知识。。。

作者
Author: Gingerhead-Xiao 时间: 2024-10-9 15:13

zjxitcc 发表于 2024-10-9 11:28
把这个帖子给你导师看，然后请他手把手教你。若导师完全不懂计算，建议您转组；若不想转组，请导师将你送 ...

谢谢您回复，我相信大家这么说是为了我好，您说的话我非常赞同，我目前想法是跟着sob老师从头开始一步一脚印学计算化学

作者
Author: Gingerhead-Xiao 时间: 2024-10-9 15:16

sobereva 发表于 2024-10-9 03:55
当前原子间距离明显太近，电子结构诡异，不仅SCF极难收敛，而且就算收敛了结果也根本毫无意义。而且净电 ...

谢谢sob老师的指正，我受益匪浅。我看了十一月有场培训，虽然特别想去现场听您讲授，但是学校这边要开题走不开，目前想法购买线上课程自学。请问老师线上，线下学习效果差距会很大吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-10-10 05:36

Gingerhead-Xiao 发表于 2024-10-9 15:16
谢谢sob老师的指正，我受益匪浅。我看了十一月有场培训，虽然特别想去现场听您讲授，但是学校这边要开题 ...

没有线上，只有不到场参加，培训介绍页面里写明了
照样可以学明白，讲义超详细，还提供了录音、完整的做各种任务的输入输出文件
更多信息见
北京科音办的培训班FAQ
http://www.keinsci.com/FAQ.html

作者
Author: Gingerhead-Xiao 时间: 2024-10-10 11:18

sobereva 发表于 2024-10-10 05:36
没有线上，只有不到场参加，培训介绍页面里写明了
照样可以学明白，讲义超详细，还提供了录音、完整的做 ...

好的，谢谢sob老师，已报名培训班

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)