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标题: 氧气分子吸附银结构优化慢，收敛性反复震荡 [打印本页]

作者
Author: jaywhyleee 时间: 2024-10-10 10:42
标题: 氧气分子吸附银结构优化慢，收敛性反复震荡
这个任务已经跑了七个小时了。我的建模和参数设置如图所示，麻烦大佬们解答一下。
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作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-10-10 15:27
MS这几个模块没有能专门处理周期边界（尤其是表面体系）带电粒子吸附的方法，即便能算出来也没有实际意义。

作者
Author: jaywhyleee 时间: 2024-10-10 18:04

卡开发发发表于 2024-10-10 15:27
MS这几个模块没有能专门处理周期边界（尤其是表面体系）带电粒子吸附的方法，即便能算出来也没有实际意义。

我想仿真的是氧气吸附在负电极上的电荷转移情况，这样是否可以呢

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-10-10 19:25

jaywhyleee 发表于 2024-10-10 18:04
我想仿真的是氧气吸附在负电极上的电荷转移情况，这样是否可以呢

不行。

作者
Author: jaywhyleee 时间: 2024-10-10 19:28

卡开发发发表于 2024-10-10 19:25
不行。

那请问有其他办法做这个仿真吗，或者有一些近似手段

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-10-10 19:39

jaywhyleee 发表于 2024-10-10 19:28
那请问有其他办法做这个仿真吗，或者有一些近似手段

你可能需要一个能够进行对二维带电情形进行校正的程序，或许你可以试试看Quantum Espresso，或者用VASP的SCPC，同时还得结合溶剂化模型来处理。

作者
Author: jaywhyleee 时间: 2024-10-10 19:47

卡开发发发表于 2024-10-10 19:39
你可能需要一个能够进行对二维带电情形进行校正的程序，或许你可以试试看Quantum Espresso，或者用VASP的 ...

这样子，如果我只是想通过MS来判断一个吸附能变化趋势是否可以呢。因为QE和VASP不是很熟

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-10-10 19:56

jaywhyleee 发表于 2024-10-10 19:47
这样子，如果我只是想通过MS来判断一个吸附能变化趋势是否可以呢。因为QE和VASP不是很熟

如果盒子大小一样勉强能看个趋势，但不见得审稿人会买账。

作者
Author: jaywhyleee 时间: 2024-10-10 19:58

卡开发发发表于 2024-10-10 19:56
如果盒子大小一样勉强能看个趋势，但不见得审稿人会买账。

对了，我刚才看到一篇文献，他里面的方法是放置另外一个离子在真空层内比较远的距离，使得整个体系是中性，这样是否可行呢？10.1039/d1cp03895h 这是文章的DOI

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-10-10 20:05

jaywhyleee 发表于 2024-10-10 19:58
对了，我刚才看到一篇文献，他里面的方法是放置另外一个离子在真空层内比较远的距离，使得整个体系是中性 ...

实际上这个存在一些别的问题，比如引入了额外的多极矩。

作者
Author: jaywhyleee 时间: 2024-10-10 20:08

卡开发发发表于 2024-10-10 20:05
实际上这个存在一些别的问题，比如引入了额外的多极矩。

加了一个平衡离子是否会比不加要严谨一些呢，这样审稿人是否更加认可一点，因为我是DFT小白所以有很多问题请教

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-10-10 20:09
本帖最后由卡开发发于 2024-10-10 20:11 编辑

jaywhyleee 发表于 2024-10-10 20:08
加了一个平衡离子是否会比不加要严谨一些呢，这样审稿人是否更加认可一点，因为我是DFT小白所以有很多问 ...

那显然是可以的，但实际上能否复现你要讨论问题的实质这点我不能确定。

作者
Author: jaywhyleee 时间: 2024-10-10 20:12

卡开发发发表于 2024-10-10 20:09
那显然是可以的。

还有就是，因为我这个反应是发生在电解质和电极界面的，我这里直接用真空层应该也是可以的吧

作者
Author: jaywhyleee 时间: 2024-10-10 20:13

jaywhyleee 发表于 2024-10-10 20:12
还有就是，因为我这个反应是发生在电解质和电极界面的，我这里直接用真空层应该也是可以的吧

从定性的角度来说

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-10-11 04:06
本帖最后由卡开发发于 2024-10-11 04:22 编辑

jaywhyleee 发表于 2024-10-10 20:12
还有就是，因为我这个反应是发生在电解质和电极界面的，我这里直接用真空层应该也是可以的吧

按道理应当考虑溶剂效应，并且使用的溶剂化模型（无论显式还是隐式）也应当要反应电界面性质。
我不知道你指的定性是什么，如果你指的是能否凑得出来你实验上的趋势，那我不好说；如果你指的能否反映电极动力学过程中该有的效应，那应该是不能的。

作者
Author: jaywhyleee 时间: 2024-10-25 15:37

卡开发发发表于 2024-10-11 04:06
按道理应当考虑溶剂效应，并且使用的溶剂化模型（无论显式还是隐式）也应当要反应电界面性质。
我不知道 ...

你好呀，因为我这个反应是以离子液体为溶剂的，那我在MS上如何加入一个离子液体的溶剂模型呢，我看网上相关的教程很少呢

作者
Author: jaywhyleee 时间: 2024-10-25 15:44

卡开发发发表于 2024-10-11 04:06
按道理应当考虑溶剂效应，并且使用的溶剂化模型（无论显式还是隐式）也应当要反应电界面性质。
我不知道 ...

你好呀，因为我的反应溶剂是离子液体，请问如何在MS中加入离子液体溶剂呢？在隐式模型中好像只提供一些常见的溶剂

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-10-25 16:43

jaywhyleee 发表于 2024-10-25 15:44
你好呀，因为我的反应溶剂是离子液体，请问如何在MS中加入离子液体溶剂呢？在隐式模型中好像只提供一些常 ...

MS的隐式溶剂模型做不了离子液体。

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