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标题: Sobeda脚本的使用问题 [打印本页]

作者
Author: 假如. 时间: 2024-10-10 12:15
标题: Sobeda脚本的使用问题
本帖最后由假如. 于 2024-10-10 12:16 编辑

我需要进行片段间弱相互作用的分析，学校老师在linux环境安装了他改动后的脚本（附件），但是使用过程中出现了在计算片段一的能量时，套用Gaussian模板（即template.gjf文件）会报错识别到其他片段的原子，总的报错信息如下：
Starting sobEDA run at 2024年 10月 10日星期四 09:44:26 CST
Number of fragments: 2

Charge and spin multiplicity of fragment 1: 0 1
Indices of atoms in fragment 1: 1-3
Generating Gaussian input file of fragment 1 via Multiwfn (fragment1.gjf)
Running: g16 < fragment1.gjf &> fragment1.out
Error encountered, please check corresponding output file! Now script exits
Finished sobEDA run at 2024年 10月 10日星期四 09:44:33 CST

fragment1.out的报错附上（附件）

请问怎么修改脚本能够正常运行呢？或者这个的主要问题还有什么其他方式能够改正吗？

另外关于原脚本，我也自己试着安装过，按照步骤操作后运行示例的文件后也有看不懂的报错，如下：
(standard_in) 1: syntax error
No process information was provided in your input file
You prefer to switch to the 4-processor mode automatically
sed: no input files
(standard_in) 1: syntax error
sed: -e expression #1, char 1: unknown command: `,'
Unable to read script file because of error: -N option must have argument

在哪个脚本的基础上修改更简单一点呢？（只求能够正常计算完，在哪个基础上修改都可以）

作者
Author: imasen 时间: 2024-10-10 12:47
本帖最后由 imasen 于 2024-10-10 12:48 编辑

在基组和赝势定义片段给所有元素符号前加上-，这样结构中没有的元素会直接被忽略而不是报错

作者
Author: sobereva 时间: 2024-10-10 13:45
自行看Gaussian输出文件就知道怎么回事
No Cu atoms found in this molecule.

作者
Author: wuy069 时间: 2024-10-10 14:47
你给的template.gjf文件就是错误的，好好看看卢老师例子中的sobEDA_tutorial/Cu+H2O/template.gjf，关于自定义基组咋写吧

作者
Author: 假如. 时间: 2024-10-10 18:40

wuy069 发表于 2024-10-10 14:47
你给的template.gjf文件就是错误的，好好看看卢老师例子中的sobEDA_tutorial/Cu+H2O/template.gjf，关于自 ...

好的谢谢

作者
Author: 假如. 时间: 2024-10-10 18:40

sobereva 发表于 2024-10-10 13:45
自行看Gaussian输出文件就知道怎么回事
No Cu atoms found in this molecule.

好的谢谢

作者
Author: 假如. 时间: 2024-10-10 18:41

imasen 发表于 2024-10-10 12:47
在基组和赝势定义片段给所有元素符号前加上-，这样结构中没有的元素会直接被忽略而不是报错

好的好的

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