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标题: ligpargen返回的opls力场的拓扑文件没有improper项 [打印本页]

作者
Author: niumx 时间: 2024-10-10 14:32
标题: ligpargen返回的opls力场的拓扑文件没有improper项
新手小白一枚，我在获取某分子opls-aa力场的拓扑文件时遇到了一些困惑。我使用gview得到某分子的.mol2文件，将Ar改为ar并检查其他成键无误后，将.mol2文件（见附件1）提交给离线版本的ligpargen，期望得到此分子opls-aa力场的拓扑文件，但是返回的.itp文件（见附件2）中却不存在dihedral的improper项，只有proper项，这是为什么呢？是否需要手动添加improper内容呢？
此分子有200+个原子，在线版ligpargen无法处理。
如果ligpargen无法很好的处理这个分子的话，了解到autoff、tppmktop、acpype也可以获得opls-aa力场的拓扑文件，用这些程序靠谱吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-10-10 16:58
用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生基于GAFF/GAFF2力场的此体系的拓扑文件好得很

作者
Author: niumx 时间: 2024-10-10 19:03
老师，我参考文献使用的是oplsaa力场，所以需要用oplsaa力场。

作者
Author: niumx 时间: 2024-10-10 19:05
老师，没有improper项影响大吗？

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