计算化学公社

标题: 求助旧版本do_dssp命令无法读取新版本tpr文件 [打印本页]

作者
Author: 群山行云 时间: 2024-10-10 15:28
标题: 求助旧版本do_dssp命令无法读取新版本tpr文件
模拟生成轨迹使用的是2023.3版本的Gromacs，安装于Ubuntu20.4版本服务器
由于新版的Gromacs不再支持do_dssp命令无法获得二级结构，故按照论坛教程安装了Gromacs2018，于本地CentOS虚拟机
在旧版本中可以运行do_dssp命令，但产生如下报错，似乎无法读取tpr文件

作者
Author: student0618 时间: 2024-10-11 11:18
GROMACS 2023 自带gmx dssp command，不必用老版本do_dssp。
https://manual.gromacs.org/2023.3/onlinehelp/gmx-dssp.html

作者
Author: 群山行云 时间: 2024-10-11 17:44

student0618 发表于 2024-10-11 11:18
GROMACS 2023 自带gmx dssp command，不必用老版本do_dssp。
https://manual.gromacs.org/2023.3/onlinehe ...

谢谢指点；之前了解过新版本的dssp命令，发现输出的是dat文件而不是旧版本的xvg文件，而且dat文件有点看不懂；请问这种文件也可以像xvg一样绘制二级结构图吗？

作者
Author: student0618 时间: 2024-10-11 18:16
刚找了一下，2024的gmx dssp才可以output xvg。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)