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标题: Gaussian做扫描怎么设置一个原子绕着一个分子中某个键的轴旋转 [打印本页]

作者
Author: 1848820738 时间: 2024-10-11 11:35
标题: Gaussian做扫描怎么设置一个原子绕着一个分子中某个键的轴旋转
我想让一个原子绕着一个分子的C-C键的那条轴旋转180°做柔性扫描，如下附件，13号原子绕着C4-C5这个轴旋转，在Gaussian中该如何设置，试过加在C4-C5中间加虚原子，但是会报错，或者不是预想中的扫描结果
请问这种情况应该怎么设置

作者
Author: Dyyyzz 时间: 2024-10-11 15:57
用13-4-5-11或13-5-4-10二面角的角度变化做扫描。

作者
Author: 1848820738 时间: 2024-10-11 16:09

Dyyyzz 发表于 2024-10-11 15:57
用13-4-5-11或13-5-4-10二面角的角度变化做扫描。

那样不是绕着C4-C5轴转的

作者
Author: 1848820738 时间: 2024-10-11 16:21

Dyyyzz 发表于 2024-10-11 15:57
用13-4-5-11或13-5-4-10二面角的角度变化做扫描。

那只是个例子，比如这种分子，原子绕着上面的C-C键旋转该怎么设置

作者
Author: sobereva 时间: 2024-10-11 19:57
图片要直接贴，不要作为普通附件上传
贴图前把多余的白边去掉，恰当调整尺寸

作者
Author: sobereva 时间: 2024-10-11 19:58

1848820738 发表于 2024-10-11 16:21
那只是个例子，比如这种分子，原子绕着上面的C-C键旋转该怎么设置

没法设置
自行写程序产生一批坐标，批量做单点计算
要么在键中央加个虚原子，在gview里手动一次次调整C-C-X-Li二面角，产生一批坐标

作者
Author: 1848820738 时间: 2024-10-11 20:23

sobereva 发表于 2024-10-11 19:58
没法设置
自行写程序产生一批坐标，批量做单点计算
要么在键中央加个虚原子，在gview里手动一次次调整C ...

好的，谢谢sob老师

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