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标题: 求助金属氮宾与烯烃的过渡态结构始终无法优化成功，是否要考虑更换其他泛函/基组？ [打印本页]

作者
Author: HexSona 时间: 2024-10-11 13:47
标题: 求助金属氮宾与烯烃的过渡态结构始终无法优化成功，是否要考虑更换其他泛函/基组？
如图，过渡态TS与TS' 是金属氮宾（单线态）与烯烃的协同机理，一步成环。TS' 能轻松优化成功，以TS' 为基础，保留关键部分的结构近似不变，调整其他部分的结构后得到TS的初猜，尝试优化多次均失败。要么是无虚频，要么是虽有一个虚频但振动方向不对，大概率是直接优化到三元环产物的结构（另，已进行冻结键长的限制性优化，限制性优化结果有一个虚频且振动方向合理，但解冻键长后无法优化成功）
请问各位老师，这种情况下是否考虑更换泛函/基组？对于该体系，使用哪些泛函/基组更合适？谢谢！
附上一个输入文件
%chk=1_TS.chk
%mem=40GB
%nprocshared=28
#p opt=(ts,recalc=5,noeigentest,gdiis,maxstep=2) freq=noraman
b3pw91/genecp geom=connectivity gfinput int=ultrafine
scf=(vshift=500,noincfock) em=gd3

ts

1 1
Cu                1.38121700 0.49820000 -0.89355100
O                3.86509800 -2.58227500 0.24577100
C                2.67945200 -3.40285800 0.05807200
C                1.78869100 -2.55514400 -0.86551800
N                2.37671800 -1.21466300 -0.69344300
C                3.53221900 -1.35128100 -0.15195000
N                3.07371600 1.54877700 -0.62915700
C                3.23565400 2.98234300 -0.95292500
C                4.74073600 3.06596400 -1.26599900
O                5.28384200 1.84892900 -0.69075000
C                4.24257600 1.04443800 -0.45971800
C                4.61240100 -0.32175700 0.06623300
C                4.85786700 -0.17259200 1.58770100
C                5.89505900 -0.82628800 -0.63346000
C                1.77705700 -2.99857100 -2.35357600
C                1.06978000 -4.36006500 -2.42381500
C                3.20262200 -3.11000900 -2.90945800
C                0.99030100 -1.99232200 -3.20154600
C                2.75720600 3.89245200 0.20952600
C                2.92947400 5.35621600 -0.21970200
C                1.27169700 3.62596800 0.47038200
C                3.55207100 3.61338400 1.49133100
H                2.23497900 -3.56493100 1.04185200
H                3.00686300 -4.35379500 -0.36181200
H                0.76136700 -2.51515200 -0.50115600
H                2.62728900 3.19987100 -1.83626400
H                4.95801200 3.04460100 -2.33809700
H                5.26181200 3.90528100 -0.80573000
H                3.93941500 0.12803300 2.09849700
H                5.18982400 -1.12974100 1.99812000
H                5.63284300 0.57877700 1.76346100
H                6.16599700 -1.80746200 -0.23882000
H                5.74675600 -0.91229300 -1.71442300
H                6.71452100 -0.12873200 -0.45017800
H                1.00491500 -4.69920100 -3.46325000
H                0.04682700 -4.29317500 -2.03089000
H                1.59553900 -5.14031000 -1.86058500
H                3.17194400 -3.42522100 -3.95791400
H                3.71215400 -2.13993700 -2.87526700
H                3.81670400 -3.83874400 -2.36800200
H                -0.02250700 -1.83724700 -2.82322600
H                1.47669500 -1.01094200 -3.22178200
H                0.92293100 -2.34653700 -4.23643000
H                2.55078000 6.02366600 0.56211700
H                3.97855600 5.62404900 -0.39048100
H                2.37031400 5.56821200 -1.13891000
H                0.89343800 4.29892000 1.24894600
H                1.12140800 2.59591700 0.81041400
H                0.67056000 3.76482900 -0.43295800
H                3.42169300 2.57480900 1.81555200
H                4.62525200 3.80157600 1.37187400
H                3.19829000 4.26184800 2.30063200
N                -0.43111900 -0.21675300 -0.80687700
C                -3.46955400 2.08474300 -1.80311900
C                -4.45055500 2.88810600 -1.22480000
C                -4.24326900 3.51148200 0.00921200
C                -3.01305900 3.31731200 0.65812100
C                -2.03297300 2.50910700 0.10433500
C                -2.26607800 1.89828600 -1.12914300
H                -3.63091200 1.59632700 -2.75776800
H                -5.39364900 3.03047200 -1.74621800
H                -2.82920900 3.80594600 1.61224800
H                -1.08905600 2.36092300 0.61272400
C                -5.30930700 4.35639700 0.65019800
H                -6.15253600 4.52869400 -0.02479400
H                -5.69663800 3.86962700 1.55446800
H                -4.91310600 5.33212900 0.95374300
S                -1.01996800 0.86276500 -1.84882800
O                -1.54549700 0.38265800 -3.12781900
O                0.24730900 1.73824000 -1.93868600
C                -0.11458400 -4.06162200 2.42046600
C                0.80529600 -3.40501800 3.20364500
C                0.93875300 -1.99337300 3.13763500
C                0.08902500 -1.24152600 2.26514600
C                -0.88023200 -1.94535900 1.47899200
C                -0.95367800 -3.32703700 1.55649000
H                2.52520900 -1.89174700 4.60451400
H                -0.21621600 -5.14147500 2.47628600
H                1.44338500 -3.96067000 3.88676800
C                1.88780700 -1.31059200 3.94259300
C                0.23602500 0.16863400 2.23309800
H                -1.70418500 -3.85228900 0.97191900
C                1.15749000 0.80271500 3.03503500
C                1.99014900 0.05971100 3.90245100
H                -0.40025100 0.73438900 1.56744800
H                1.24310600 1.88498600 3.00704900
H                2.70800700 0.57375800 4.53580400
C                -1.90581300 -1.24884500 0.66284400
C                -2.21402500 -1.71187100 -0.61784800
H                -1.52485800 -2.45490700 -1.00306100
O                -2.62452300 -0.30298300 1.25835700
Si             -3.57398300 -0.52262200 2.72284900
C                -4.51637100 -2.12505400 2.45925000
H                -5.24031600 -2.28748400 3.26592000
H                -5.05909300 -2.11140300 1.50803500
H                -3.82904900 -2.97844100 2.45152000
C                -2.46863700 -0.59443600 4.23691700
H                -1.76258700 0.24142700 4.26082500
H                -3.09262600 -0.54079400 5.13770700
H                -1.89589500 -1.52602800 4.27693700
C                -4.66226200 1.00268500 2.72064700
H                -5.19695100 1.11404300 1.77200600
H                -5.40153200 0.93866300 3.52743800
H                -4.06349700 1.90521700 2.87576900
C                -3.38312300 -1.47573900 -1.43186200
C                -3.42056900 -2.10056300 -2.69688900
C                -4.48971500 -0.69285800 -1.04300600
C                -4.52264800 -1.97033100 -3.52834700
H                -2.56197000 -2.68088600 -3.02470500
C                -5.59808700 -0.57901200 -1.87261400
H                -4.46221200 -0.15357800 -0.10735500
C                -5.62226700 -1.21465600 -3.11481900
H                -4.52705600 -2.45425100 -4.50065500
H                -6.44235800 0.02620700 -1.55395000
H                -6.48981000 -1.11619600 -3.76146800

1 53 1.0
2 3 1.0 6 1.5
3 4 1.0 23 1.0 24 1.0
4 5 1.0 15 1.0 25 1.0
5 6 2.0
6 12 1.0
7 8 1.0 11 2.0
8 9 1.0 19 1.0 26 1.0
9 10 1.0 27 1.0 28 1.0
10 11 1.5
11 12 1.0
12 13 1.0 14 1.0
13 29 1.0 30 1.0 31 1.0
14 32 1.0 33 1.0 34 1.0
15 16 1.0 17 1.0 18 1.0
16 35 1.0 36 1.0 37 1.0
17 38 1.0 39 1.0 40 1.0
18 41 1.0 42 1.0 43 1.0
19 20 1.0 21 1.0 22 1.0
20 44 1.0 45 1.0 46 1.0
21 47 1.0 48 1.0 49 1.0
22 50 1.0 51 1.0 52 1.0
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53 68 1.0
54 55 1.5 59 1.5 60 1.0
55 56 1.5 61 1.0
56 57 1.5 64 1.0
57 58 2.0 62 1.0
58 59 1.5 63 1.0
59 68 1.0
60
61
62
63
64 65 1.0 66 1.0 67 1.0
65
66
67
68 69 2.0 70 1.5
69
70
71 72 2.0 76 1.5 78 1.0
72 73 1.5 79 1.0
73 74 1.5 80 1.5
74 75 1.5 81 1.5
75 76 2.0 88 1.0
76 82 1.0
77 80 1.0
78
79
80 84 2.0
81 83 2.0 85 1.0
82
83 84 1.5 86 1.0
84 87 1.0
85
86
87
88 89 1.5 91 1.5
89 90 1.0 105 1.5
90
91 92 1.0
92 93 1.0 97 1.0 101 1.0
93 94 1.0 95 1.0 96 1.0
94
95
96
97 98 1.0 99 1.0 100 1.0
98
99
100
101 102 1.0 103 1.0 104 1.0
102
103
104
105 106 1.5 107 1.5
106 108 1.5 109 1.0
107 110 1.5 111 1.0
108 112 1.5 113 1.0
109
110 112 1.5 114 1.0
111
112 115 1.0
113
114
115

C O N H S 0
6-31G*
****
Cu 0
SDD
****
Si 0
SDD
d 1 1.0
0.284 1.0
****

Cu 0
SDD
Si 0
SDD

作者
Author: sobereva 时间: 2024-10-11 19:51
甭写完全多余的noraman、gfinput，仔细看
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331（http://bbs.keinsci.com/thread-3460-1-1.html）

改用PBE0

Si没必要用SDD

作者
Author: HexSona 时间: 2024-10-12 10:56

sobereva 发表于 2024-10-11 19:51
甭写完全多余的noraman、gfinput，仔细看
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/33 ...

好的，谢谢sob老师！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-10-12 20:50
确定这个反应不是无垒反应吗？

作者
Author: HexSona 时间: 2024-10-12 23:44

wzkchem5 发表于 2024-10-12 20:50
确定这个反应不是无垒反应吗？

哦哦我忘记说了。没有添加em=gd3时可以成功优化此过渡态，算出来确实是无能垒反应。但是无能垒反应也得有个合理的虚频呀[捂脸]

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-10-18 13:50

HexSona 发表于 2024-10-12 16:44
哦哦我忘记说了。没有添加em=gd3时可以成功优化此过渡态，算出来确实是无能垒反应。但是无能垒反应也得有 ...

首先区分两种情况
（1）能找到过渡态，但活化自由能小于0
（2）不存在过渡态
如果是（2）的情况，那么谈不上有没有虚频

作者
Author: 起个名字 时间: 2024-10-21 13:37
用B3LYP/6-31+G(D,P)计算的，看起来能找到过渡态，计算结果供参考：https://alphacat.deepchem.cn/sha ... bc991628e73f7667081

作者
Author: HexSona 时间: 2024-10-21 17:00

起个名字发表于 2024-10-21 13:37
用B3LYP/6-31+G(D,P)计算的，看起来能找到过渡态，计算结果供参考：https://alphacat.deepchem.cn/share#/d ...

可以分享一下gauss的gjf文件吗？非常感谢！

作者
Author: HexSona 时间: 2024-10-21 17:02

起个名字发表于 2024-10-21 13:37
用B3LYP/6-31+G(D,P)计算的，看起来能找到过渡态，计算结果供参考：https://alphacat.deepchem.cn/share#/d ...

另，请问您用的是什么泛函？添加了色散效应吗？我在没有添加色散效应时是可以成功优化的，但因为一些原因不得不添加色散效应，然后就再也优化不出来了

作者
Author: HexSona 时间: 2024-10-21 18:12

HexSona 发表于 2024-10-21 17:00
可以分享一下gauss的gjf文件吗？非常感谢！

不好意思，没用过这个网站。已经从中提取了原子坐标信息。非常感谢！

作者
Author: 起个名字 时间: 2024-10-25 08:29

HexSona 发表于 2024-10-21 17:02
另，请问您用的是什么泛函？添加了色散效应吗？我在没有添加色散效应时是可以成功优化的，但因为一些原因 ...

您可以去网站上试一下，直接游客登陆或者注册个账户都可以，过渡态的计算里面可以自定义泛函和基组

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