计算化学公社

标题: 简单的MD程序不知道怎么加上限制 [打印本页]

作者
Author: dark_cosmos 时间: 2017-1-9 18:51
标题: 简单的MD程序不知道怎么加上限制
现在做的课题需要实现一段简单的分子力学的代码，目的是实现原子在固定的曲面上面运动，也就说需要有一个纯几何的约束加在每个原子上。原子之间的相互作用很简单只考虑L-J势即可，电荷不考虑。现在问题就是这个几何约束如何施加（因为几何可能非常复杂，比如一个螺旋面等等，可能需要极坐标表示）。
请问大家有没有什么好的想法，或者能够利用别的MD软件的接口与之结合也行。再或者有没有开源的这种简单的MD小程序的框架可以拿来直接扩充的。欢迎大家讨论！

作者
Author: fhh2626 时间: 2017-1-9 23:51
用openmm的python接口或者NAMD的tclforce就行

作者
Author: dark_cosmos 时间: 2017-1-10 12:32

fhh2626 发表于 2017-1-9 23:51
用openmm的python接口或者NAMD的tclforce就行

你好，谢谢你的回答，请问能够稍微具体一点么。在复杂曲面的情况下tclforce能够做到这种约束？openmm没有使用过，我先去了解一下，谢谢

作者
Author: fhh2626 时间: 2017-1-10 16:35

dark_cosmos 发表于 2017-1-10 12:32
你好，谢谢你的回答，请问能够稍微具体一点么。在复杂曲面的情况下tclforce能够做到这种约束？openmm没有 ...

具体一点？比如曲面是x=0，原子坐标是qx,qy,qz。则在任意时刻给原子加一个Ux=a*qx^2的势就行了

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)