计算化学公社

标题: 求助：PMIxPMIx was unable to find a usable compression library on the system [打印本页]

作者
Author: 小强 时间: 2024-10-11 17:08
标题: 求助：PMIxPMIx was unable to find a usable compression library on the system
各位坛友，我在运行cp2k时，提示如下问题，请问怎么解决：
PMIx was unable to find a usable compression libraryon the system. We will therefore be unable to compresslarge data streams. This may result in longer-than-normalstartup times and larger memory footprints. We willcontinue, but strongly recommend installing zlib ora comparable compression library for better user experience.You can suppress this warning by adding "pcompress_base_silence_warning=1"to your PMIx MCA default parameter file, or by adding"PMIX_MCA_pcompress_base_silence_warning=1" to your environment.
官方给出的解决方案中，PMIx MCA default parameter file这个文件在哪？以及这个by adding"PMIX_MCA_pcompress_base_silence_warning=1" to your environment怎么操作？ps:我系统上默认安装了zlib。CP2K版本：2024.3。系统：CentOS9 stream。虽然存在上述提醒，但是计算任务能够正常进行。

作者
Author: zfy524 时间: 2025-1-13 16:09
你好，请问这个问题解决了吗

作者
Author: 轻舟~ 时间: 2025-1-24 11:52
请问可以解决吗，我运行popt版本时出现了这个问题

作者
Author: 后到咸阳斯蒂庞 时间: 2025-2-10 11:33
本帖最后由后到咸阳斯蒂庞于 2025-2-10 11:36 编辑

不建议通过在环境变量中添加“PMIX_MCA_pcompress_base_silence_warning=1”不输出警告，提示中说了对于大体量计算（特别是大体系计算或者AIMD）会使得内存溢出而终止。我也出现了相同的问题，解决方法如下：首先删除通过toolchain安装的openmpi，手动安装zlib并配置环境变量，然后在官网上下载相同版本的openmpi重新编译安装即可。

作者
Author: xxalzdp 时间: 2025-5-12 16:41

后到咸阳斯蒂庞发表于 2025-2-10 11:33
不建议通过在环境变量中添加“PMIX_MCA_pcompress_base_silence_warning=1”不输出警告，提示 ...

大佬，zlib1.3.1编译、安装、配置好好之后bash死活找不到，有头绪嘛

作者
Author: 后到咸阳斯蒂庞 时间: 2025-5-12 19:58

xxalzdp 发表于 2025-5-12 16:41
大佬，zlib1.3.1编译、安装、配置好好之后bash死活找不到，有头绪嘛

我用的是这四个
#Zilb
export PATH=/usr/local/zlib-1.3.1/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/zlib-1.3.1/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export C_INCLUDE_PATH=/usr/local/zlib-1.3.1/include:$C_INCLUDE_PATH
export CPLUS_INCLUDE_PATH=/usr/local/zlib-1.3.1/include:$CPLUS_INCLUDE_PATH

作者
Author: Singapore 时间: 2025-5-17 23:14
我最近安装cp2k-2025.1 也遇到了同样的问题，会在启动计算任务后提示错误，但使用不影响。强迫症犯了，通过和 deepseek 交流，得到以下解决方法。
目前运行后不会出现“PMIx was unable to find a usable compression libraryon the system.”的提示，供相同问题的伙伴参考。

首先安装zlib-devel：
sudo yum install zlib-devel
安装后，检查 zlib.h 是否存在：
find /usr -name "zlib.h" 2>/dev/null

将之前的 cp2k 安装文件夹改名（备用，以便不成功后回退方便）。

按照站长的教程（http://bbs.keinsci.com/thread-21608-1-1.html）重新安装只是以下部分略作修改。
原始版：
“运行以下命令
cd /sob/cp2k-8.1/tools/toolchain/
./install_cp2k_toolchain.sh --with-sirius=no --with-openmpi=install --with-plumed=install”

修改版：
“运行以下命令
cd /sob/cp2k-8.1/tools/toolchain/

新加命令：# 设置环境变量（关键步骤）
export ZLIB_ROOT=/usr

修改命令：
./install_cp2k_toolchain.sh \
--with-sirius=no \
--with-openmpi=install \
--with-plumed=install \
--mpi-mode=openmpi \
--no-check-certificate
”
其他步骤不变。

关键参数说明：
--mpi-mode=openmpi: 明确要求工具链安装 OpenMPI。
--with-openmpi=install: 确认安装 OpenMPI（与 --mpi-mode=openmpi 配合使用）。
ZLIB_ROOT=/usr: 确保 OpenMPI 的 PMIx 组件能找到 zlib。

希望对遇到这些问题的伙伴有用。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)