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标题: 使用amber模拟PEG600，提示非标准残基无法参数化应该如何处理 [打印本页]

作者
Author: 肖安炜 时间: 2024-10-11 17:26
标题: 使用amber模拟PEG600，提示非标准残基无法参数化应该如何处理
各位老师好，我使用了https://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial4b/index.php上的教程，想构建一个PEG600水溶液的盒子进行后续模拟，但是按照该教程处理后仍然提示该残基为非标准残基，大量原子缺乏类型，我的运行步骤在哪里出现了错误，谢谢各位老师

作者
Author: student0618 时间: 2024-10-12 01:58
1. lib的残基名和pdb不一致，可用 sed -i s/PEG600/PEG/ PEG600.lib 一行命令修正。
2. lib 有完整分子的拓朴的话，pdb应用同一个残基编号。不然leap会以为每个残基都是个完整分子，好心帮你补一大堆原子上去。
3. 同一残基不应该有重复的原子名。由于你目前的做法视整个分子为同一残基，应当给每个原子独特的原子名。

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