计算化学公社

标题: 将QE生成的电荷密度.cube文件加载到Multiwfn中做拓扑分析时报错 [打印本页]

作者
Author: r.wang 时间: 2024-10-12 10:34
标题: 将QE生成的电荷密度.cube文件加载到Multiwfn中做拓扑分析时报错
将QE生成的电荷密度.cube文件加载到Multiwfn中，选择2拓扑分析，依次2，3，4，下一步8生成键径时出现以下错误：Error: You must at least locate one (3,-1) CP before trying to generate topology paths!
Press ENTER button to continue该怎么解决呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-10-12 11:12
仔细看下文搞清楚支持什么输入文件格式
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379（http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html）

对于cube文件，只能用格点数据插值方式做拓扑分析，没法直接选电子密度。仔细看下文第3节
使用Multiwfn结合CP2K做周期性体系的atom-in-molecules (AIM)拓扑分析
http://sobereva.com/717（http://bbs.keinsci.com/thread-46927-1-1.html）

作者
Author: r.wang 时间: 2024-10-12 15:52

sobereva 发表于 2024-10-12 11:12
仔细看下文搞清楚支持什么输入文件格式
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://s ...

谢谢社长，我再研究研究。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-10-13 10:49
本帖最后由卡开发发于 2024-10-13 11:00 编辑

r.wang 发表于 2024-10-12 15:52
谢谢社长，我再研究研究。

你应该用pp.x的plot_num=21，价电子密度是赝势算出来赝电子密度，可能会出现假的NCP之类的问题，另外cube的网格要更细一些。

作者
Author: r.wang 时间: 2024-10-29 09:55

卡开发发发表于 2024-10-13 10:49
你应该用pp.x的plot_num=21，价电子密度是赝势算出来赝电子密度，可能会出现假的NCP之类的问题，另外cube ...

您好，如何用plot_num=21的.cube文件做拓扑分析呢？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-10-29 20:27

r.wang 发表于 2024-10-29 09:55
您好，如何用plot_num=21的.cube文件做拓扑分析呢？

或许你可以试试AIM-UC.

作者
Author: r.wang 时间: 2024-12-27 16:16

卡开发发发表于 2024-10-29 20:27
或许你可以试试AIM-UC.

您好，有没有AIM-UC的可执行文件

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-12-27 16:42

r.wang 发表于 2024-12-27 16:16
您好，有没有AIM-UC的可执行文件

也许你可以试试这个链接。

作者
Author: r.wang 时间: 2024-12-27 16:54

卡开发发发表于 2024-12-27 16:42
也许你可以试试这个链接。

好嘞，谢谢，已经下载好了。为啥打开电荷密度cube文件一直出错呢？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-12-27 16:56

r.wang 发表于 2024-12-27 16:54
好嘞，谢谢，已经下载好了。为啥打开电荷密度cube文件一直出错呢？

或许QE导出的cube不一定是标准的格式，不过这点我没核实过，或许你可以试试用ase或者别的工具做格式转换看看。

作者
Author: r.wang 时间: 2024-12-27 16:59

卡开发发发表于 2024-12-27 16:56
或许QE导出的cube不一定是标准的格式，不过这点我没核实过，或许你可以试试用ase或者别的工具做格式转换 ...

好嘞谢谢！

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-12-27 17:00

r.wang 发表于 2024-12-27 16:59
好嘞谢谢！

必要的话我们可以私下讨论，我目前不确定QE输出的cube在边缘上是否存在冗余，正常情况说xsf会存在这样的问题（至少XCrysDen是这样定义的）。

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