计算化学公社

标题: 这是一个关于CP2K的吐槽贴也是一个求助帖 [打印本页]

作者
Author: liuxp 时间: 2024-10-12 19:29
标题: 这是一个关于CP2K的吐槽贴也是一个求助帖
今天开完组会，导师问计算的问题，我跟他说换了一个计算软件，从MS换到了CP2K，他很震惊带我去找组内另一个做计算的老师，我们是属于实验组，自己算实验结构，另一个老师做的是氮化铁，结构比较简单一直用MS做的计算，他们觉得CP2K不是一个知名的做第一性原理的软件，搞得我很是郁闷。他们一直担心用CP2K做的第一性原理会被审稿人质疑不专业，为什么不去改学vasp。弄得我也很是郁闷，因为CP2K软件官网写的这是一款分子动力学软件。

作者
Author: Graphite 时间: 2024-10-12 20:27
科研界的信息差一点不比外面少。那个老师说也也不无道理，出现质疑啥是CP2K的一点也不意外。

另外想到一个事：
有一位老师、长辈，跟计算化学一点关系都没有，甚至分不清计算机计算和计算模拟（他那个领域存在计算模拟）。
我帮他修过几次电脑（很简单那种事情），另外有时吃饭吹牛的时候，我偶尔会暴露自己的理论计算的习惯作风。
他一直以为我是”硅基思维人才”——尽管我也高强度冲浪，但很难想象这个词从一位老前辈嘴里面冒出来，也很震惊我怎么就成了”硅基思维人才”。放到那个系里，说算懂理论懂计算机那没问题，有相关大事小事问问我，也不奇怪。但是这个词属实离谱，感觉随时赛博飞升一样。

作者
Author: student0618 时间: 2024-10-12 20:29
跟实验组老师聊计算程序要用有引用该程序的cell nature science说服他们的，有时JACS也可以。主流程序都可以试试用这方法。

当然有时很难说服的，尤其是追逐潮流以为AI 万能的。例如以前AlphaFold 2刚出时部分实验组的人盲目相信其结果、连confidence 很低也不理会的。我一气之下直接叫他责任自负，回去再让自己的指导老师帮忙说服他们了......

作者
Author: liuxp 时间: 2024-10-12 20:41

Graphite 发表于 2024-10-12 20:27
科研界的信息差一点不比外面少。那个老师说也也不无道理，出现质疑啥是CP2K的一点也不意外。

另外想到一 ...

我能理解老师的质疑，我选CP2K的原因也是因为学MS时加的各种各样的交流群，但是没有人解决问题，意外在别的帖子下发现了计算化学公社这个平台，在然后因为cp2k的指导要优于其他平台，所以选择了。但是对于他们的质疑还是多少有点绷不住了。

作者
Author: liuxp 时间: 2024-10-12 20:43

student0618 发表于 2024-10-12 20:29
跟实验组老师聊计算程序要用有引用该程序的cell nature science说服他们的，有时JACS也可以。主流程序都可 ...

我也是想用文章说服他们，但是用CP2K做第一性原理的文章现在不也不知道在哪里找，官网基本上都是做AIMD的

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-10-12 20:54

liuxp 发表于 2024-10-12 13:43
我也是想用文章说服他们，但是用CP2K做第一性原理的文章现在不也不知道在哪里找，官网基本上都是做AIMD的

找到CP2K的原始文献，看有哪些人引用，按日期从新到老排序，取近年来发的几篇影响因子高的

作者
Author: liuxp 时间: 2024-10-12 21:01

wzkchem5 发表于 2024-10-12 20:54
找到CP2K的原始文献，看有哪些人引用，按日期从新到老排序，取近年来发的几篇影响因子高的

请问一下是去cp2k官网上找吗

作者
Author: sobereva 时间: 2024-10-12 21:47

liuxp 发表于 2024-10-12 21:01
请问一下是去cp2k官网上找吗

google学术搜索，搜CP2K的JCP 2020介绍文章https://doi.org/10.1063/5.0007045，看引用此文的文章列表
你认识的那些老师的见识过于浅薄，太外行了，竟然不知道CP2K在业界的认可度、知名度、影响力和流行程度有多高。正经像样期刊找的审稿人里不会遇到甚至会以为CP2K是什么不专业程序的外行审稿人
CP2K官网上直接列的亮点文章列表里非MD的有的是。“官网基本上都是做AIMD的” 没这回事。某一方面是一个程序的强项，绝不代表那就是程序唯一的强项，CP2K速度那么快，跑大体系结构优化、NEB速度吊打昂贵的VASP，哪怕不是做动力学也有用CP2K的一堆理由（包括但不限于：支持的理论方法广泛、能结合Multiwfn做丰富的波函数分析、支持约束性DFT等功能、有优秀的QM/MM设计、能方便地计算XAS，等等等等）。

没看过此文的建议看
2024年计算化学公社举办的计算化学程序和DFT泛函的流行程度投票结果
http://sobereva.com/706（http://bbs.keinsci.com/thread-45272-1-1.html）

作者
Author: liuxp 时间: 2024-10-12 23:19

sobereva 发表于 2024-10-12 21:47
google学术搜索，搜CP2K的JCP 2020介绍文章https://doi.org/10.1063/5.0007045，看引用此文的文章列表
...

谢谢sob老师按照老师的提示找到了许多文章一下子踏实很多，不过确实其中一位老师说CP2K做分子动力学，把我导吓到了尽管也解释了很多。

作者
Author: 1372133091 时间: 2024-10-13 00:22
本帖最后由 1372133091 于 2024-10-13 00:24 编辑

不用担心，我之前还是从VASP转到CP2K呢，之前用的VASP，上了学校的计算材料物理的时课程老师（这位老师的水平很高）强烈建议我使用CP2K进行计算，并且向我介绍了计算化学公社，我这才渐渐将目光转向CP2K，VASP和MS固然容易上手，但是CP2K也绝不是所谓的不知名小软件，说出这话的人肯定对计算这个领域完全不熟。

作者
Author: Graphite 时间: 2024-10-13 00:32

liuxp 发表于 2024-10-12 20:41
我能理解老师的质疑，我选CP2K的原因也是因为学MS时加的各种各样的交流群，但是没有人解决问题，意外在别 ...

能解决问题的群确实不多，大部分加了也就是加了，潜水。
看到的，要么自己也不会；要么会但不是自己特熟悉的，不想轻易说出来万一有人笑；要么虽然知道后面一大堆东西，但是怕顺着爬问一大堆。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-10-13 10:09
1、从计算程序本身选用的角度无非就是效率和可靠性，有些程序速度快但可能稳健性或者精度没那么好，而有些程序计算方案尽管比较稳健但可能算得比较慢。实际研究的问题场景本来也就有大小体系，对于大体系本身就得适当舍弃一些精度，不过稳健性一旦有问题可能算出来对不对都会成问题。近些年不比前15~20年，做计算的人多了不少，各个程序无论小众与否都会有人去尝试，网上也有人发帖讨论，他们遇到什么问题以及是否被解决几乎一目了然。

2、程序是否知名并不应该作为质疑的理由，只能说知名的程序大家用得多相对而言也就接受的检验比较多而已。然而追求的是一些新颖性的发现是科学研究的目的之一，在研究工具能得到合理结果的基础之上所使用的工具并不作为研究和发文考察的点，这也是为何档次稍高的期刊对使用什么程序不一定（不是一定不）质疑的原因。

3、VASP在特定领域流行是个客观事实，某个程序的使用在某个圈层也比较流行。事实上还有很多基于其他方法和算法的程序，它们只是无人推广而比较小众，却在方法层面就被打上了非主流的标签。我们应该通过打标签这样的方式来选择一个计算程序？还是应该去根据自己体系进行一些测试和比对，再来决定到底使用什么？

作者
Author: 1138711019 时间: 2024-10-14 09:05
别担心，我的学习历程是MS->VASP->cp2k。
到现在来看，各有千秋，需要用到啥就用呗

作者
Author: kaikai 时间: 2024-10-14 09:14
也是MS转到CP2K，和其他人解释就一句话：MS计算速度太慢了，秒杀

作者
Author: chenzhe 时间: 2024-10-14 10:10
计算的老师居然连cp2k都没听过？？？就算不用cp2k，也应该知道这是最常用的第一性原理程序？这怕是也不是多正经的做计算啊

作者
Author: leeru 时间: 2024-10-14 11:07
我的学习的cp2k-ATK-QE-VASP-YAMBO-BGW-Wanniertools-COMSOL-EPW-LAMMPS-GPUMD

作者
Author: gog 时间: 2024-11-3 15:46

leeru 发表于 2024-10-14 11:07
我的学习的cp2k-ATK-QE-VASP-YAMBO-BGW-Wanniertools-COMSOL-EPW-LAMMPS-GPUMD

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