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标题: 求助，进行ecd计算时，在atb获得文件进行gromacs运算时出现错误，怎么改正 [打印本页]

作者
Author: 王梅砸 时间: 2024-10-12 21:28
标题: 求助，进行ecd计算时，在atb获得文件进行gromacs运算时出现错误，怎么改正
Program:    gmx mdrun, version 2018.8
Source file: src\gromacs\options\options.cpp (line 189)
Function: void __cdecl gmx::internal::OptionSectionImpl::finish(void)

Error in user input:
Invalid input values
  In option s
Required option was not provided, and the default file 'topol' does not
exist or is not accessible.
The following extensions were tried to complete the file name:
   .tpr

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors

作者
Author: student0618 时间: 2024-10-12 22:18
用了什么命令？

作者
Author: 王梅砸 时间: 2024-10-12 22:35

student0618 发表于 2024-10-12 22:18
用了什么命令？

在grompp就出现问题了
gmx insert-molecules -box 3 3 3 -ci 8VSC.pdb -o 8VSC_box.gro -nmol 1
gmx editconf -f 8VSC_box.gro -o 8VSC_box2.gro -d 2
gmx grompp -f md.mdp -c 8VSC_box2.gro -p topol.top -o md1.tpr
gmx mdrun -v -deffnm md1

作者
Author: student0618 时间: 2024-10-12 22:55

王梅砸发表于 2024-10-12 22:35
在grompp就出现问题了
gmx insert-molecules -box 3 3 3 -ci 8VSC.pdb -o 8VSC_box.gro -nmol 1
gmx ed ...

grompp报错是什么？一楼是mdrun的报错。可以的话建议提供输入文件如 top 或itp，不然很难找出问题出在哪。

作者
Author: 王梅砸 时间: 2024-10-12 22:59

student0618 发表于 2024-10-12 22:55
grompp报错是什么？一楼是mdrun的报错。可以的话建议提供输入文件如 top 或itp，不然很难找出问题出在哪 ...

这是top文件，itp是在ATB网站上下载的
#include "gromos54a7_atb.ff/forcefield.itp"
#include "gromos54a7_atb.ff/8VSC.itp"

[ system ]
1*8VSC

[ molecules ]
8VSC 1

作者
Author: student0618 时间: 2024-10-12 23:09

王梅砸发表于 2024-10-12 22:59
这是top文件，itp是在ATB网站上下载的
#include "gromos54a7_atb.ff/forcefield.itp"
#include "gromos ...

grompp报错写了什么？既然是grompp出问题，只贴mdrun报错无法找出问题的。

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