计算化学公社

标题: 我尝试跑多种分子(或离子)构成的混合团簇,在能量最小化(em)那一步就崩溃 [打印本页]

作者
Author:
wanlichuan    时间: 2024-10-14 17:08
标题: 我尝试跑多种分子(或离子)构成的混合团簇,在能量最小化(em)那一步就崩溃
我是用sobtop产生各种分子的itp,然后进行组合得到混合团簇的top。各种分子的itp文件都是采用sobtop主页(http://sobereva.com/soft/Sobtop/)例2的方法产生的。事先都用Gaussian/B3LYP/6-31G*优化到稳定结构,均指认了GAFF原子类型,LJ参数和成键相关参数都是GAFF力场的,在屏幕上没有提示有任何bond、angle、dihedral参数缺失,也添加了RESP2(0.5)原子电荷。任何一种分子做成多分子团簇跑em都很快收敛(5步之内),但是任何两种分子混合团簇跑em都是3步即崩溃。
除中性分子混合团簇之外,我还尝试了带电荷的阴阳离子的混合团簇(如四丁基氨阳离子和氯离子各两个构成的混合团簇,相关文件已上传),也有同样的问题。
请高手指教。谢谢。


作者
Author:
lyj714    时间: 2024-10-15 13:06
top中为什么要用gromos54a7,这个根本和sobtop生成的拓扑不是兼容的。
作者
Author:
wanlichuan    时间: 2024-10-15 16:08
粗心了,用的以前的模板,这个忘了注释掉。另外[ defaults ]参数也忘了修改。多谢大佬指点




欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3