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标题: GAFF力场和GROMOS54A7力场计算水密度出现差异的疑问 [打印本页]

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Author: zhangfaxue 时间: 2024-10-14 17:30
标题: GAFF力场和GROMOS54A7力场计算水密度出现差异的疑问
本帖最后由 zhangfaxue 于 2024-10-17 12:16 编辑

模拟体系就是水盒子，建模根据水密度0.997g/cm3设置，水的itp文件根据sobtop获取，然后npt结束后发现水的密度是1.07左右。然后又尝试了GROMOS54A7力场的参数计算，计算结果0.968左右。对比了一下GAFF和GROMOS54A7的力场参数发现好像只有[atomtypes]里面的sigma和epsilon这俩参数有差异。所以造成密度差异的原因就是这俩个参数影响的吗？那我应该选择哪个立场合适呢？用GAFF时我用的这个itp文件我对比了一下和spce一样，GROMOS54A7用的是spc，这个会不会也有影响？
另外，我模拟有机分子的时候用GAFF力场会不会也出现这种情况，那我怎么验证我的模拟体系的合理性或者力场选择啥都没问题呢？
补充，我原本的模拟体系中还有有机分子甲苯和烷烃，体系密度应该是0.95，之前用GROMOS54A7模拟结果0.94左右；使用GAFF大概是0.85左右，是力场bu'shi'he'wo'd
这是使用GAFF的时候的相关参数：
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canshuduibi:
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Author: 喵星大佬 时间: 2024-10-15 00:34
那么你为啥不用tip3p呢

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Author: zhangfaxue 时间: 2024-10-15 15:15

喵星大佬发表于 2024-10-15 00:34
那么你为啥不用tip3p呢

换成tip3p，水密度为1.04左右，好像也不是很理想

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Author: sobereva 时间: 2024-10-17 10:14
水分子一定要用现成的水模型，诸如SPC/E、OPC（而不要用通用的拓扑文件产生工具创建），常温下计算的密度都会和实际吻合得非常好。显著偏离绝对是计算设置存在硬伤，没有结构文件、mdp没法说

北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里第一个例子就是模拟水盒子，用的SPC/E，结果和实验非常相符。

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Author: zhangfaxue 时间: 2024-10-17 12:14

sobereva 发表于 2024-10-17 10:14
水分子一定要用现成的水模型，诸如SPC/E、OPC（而不要用通用的拓扑文件产生工具创建），常温下计算的密度都 ...

老师，我后续为了查明原因，尝试使用spc模型计算的一个只含有水分子的体系，使用GAFF力场，还是出现同样的问题问题水密度大概1.08左右，以下是我的相关文件，麻烦老师帮我看一下哪里有问题。我也尝试了spce\tip3p结果都不理想.我不知道怎么回复里添加附件，所以在原帖子里修改添加了附件

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Author: Huschein 时间: 2024-10-17 19:59
水有自己的力场，为什么要拿GAFF来模拟水？你想要什么性质去找对应的水力场就行了，水力场少说也有几十种

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Author: zhangfaxue 时间: 2024-10-18 08:19

Huschein 发表于 2024-10-17 19:59
水有自己的力场，为什么要拿GAFF来模拟水？你想要什么性质去找对应的水力场就行了，水力场少说也有几十种

我原本的体系里还有其他分子，我想用GAFF力场，如果水分子用别的力场这样混用没问题吗？

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Author: Huschein 时间: 2024-10-19 09:50

zhangfaxue 发表于 2024-10-18 08:19
我原本的体系里还有其他分子，我想用GAFF力场，如果水分子用别的力场这样混用没问题吗？

GAFF拟合的时候保证和TIP3P兼容的

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Author: sobereva 时间: 2024-10-20 09:39

zhangfaxue 发表于 2024-10-18 08:19
我原本的体系里还有其他分子，我想用GAFF力场，如果水分子用别的力场这样混用没问题吗？

不管溶质是GAFF、OPLS-AA、AMBER、UFF等等还是什么描述，水都一定要用标准的水模型，高度专一性力场绝对比你用通用程序产生的力场更合适的。同时注意和力场兼容性，诸如GAFF或GAFF2和TIP3P、OPC、SPC/E等等水模型联用都没任何问题

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