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标题: 求助gromacs2020.6+amber14sb的SMD力的大小计算 [打印本页]

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Author: LBH0532 时间: 2024-10-17 09:46
标题: 求助gromacs2020.6+amber14sb的SMD力的大小计算
各位老师好，我在仿照图1文章的操作将https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC8301328/中的namd+charmm22改换至gromacs2020.6+amber14sb重复F = k(vt − Δx)
仿照文章的拉伸参数进行操作时可以成功将配体沿x轴正方向拉出（图2），但是没能重复文章中类似AFM实验一样的力曲线（图3），在我的计算当中拉力在10ns内一直上升（图4），但实际上大约2-3ns就配体和受体已经脱离了，想请教我的输入文件设定是否有问题？

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