计算化学公社

标题: 请问模拟过程中盒子变形被压扁该怎么解决 [打印本页]

作者
Author: cuicuishark 时间: 2024-10-17 11:12
标题: 请问模拟过程中盒子变形被压扁该怎么解决
做双层膜，前50ns想用退火的方法稳定体系，这一块没问题体系整体没有变化，再用最后的温度续跑30ns出现了如图盒子变形的情况，请问该如何解决

作者
Author: sobereva 时间: 2024-10-17 12:15
既然之前都没问题，大概率续跑方式不对

作者
Author: cuicuishark 时间: 2024-10-17 14:36

sobereva 发表于 2024-10-17 12:15
既然之前都没问题，大概率续跑方式不对

老师我是用这两行进行续跑的，您能帮我看一下是否正确吗，谢谢老师
gmx convert-tpr -s md.tpr -extend 30000 -o md2.tpr
gmx mdrun -v -deffnm md2 -cpi md.cpt -noappend

作者
Author: sobereva 时间: 2024-10-20 10:05

cuicuishark 发表于 2024-10-17 14:36
老师我是用这两行进行续跑的，您能帮我看一下是否正确吗，谢谢老师
gmx convert-tpr -s md.tpr -extend ...

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