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标题: gromacs运行模拟中mdp文件参数中对于消除平动和转动命令的一些疑惑 [打印本页]

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Author: 雨中宇 时间: 2024-10-17 14:27
标题: gromacs运行模拟中mdp文件参数中对于消除平动和转动命令的一些疑惑
在sob老师发的帖子中以及教程中，都使用了消除蛋白质和配体分子平动和转动的参数comm-grps = protein_ligand和comm-mode = angula，我想请教一下这个参数的设立是否会对模拟结果产生影响，尤其是对蛋白质和配体相互作用力的计算。我也进行了不加消除平动和转动参数的模拟，发现蛋白质和配体确实在盒子中一直移动，不消除平动和转动组移动的很剧烈。我在使用消除蛋白质和配体平动转动模拟过程中遇到了段错误，在VMD进行轨迹观察过程中发现在轨迹最后蛋白质有一部分跨越了盒子，这是否是导致模拟崩溃的原因，因为在帖子上看的时候设置消除平动和转动命令时好像说不能跨越盒子。我使用续跑命令进行续跑结果可信吗，疑惑比较多，恳请各位老师批评指教

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