计算化学公社

标题: 计算静电势输出结构出现问题求助 [打印本页]

作者
Author: zzm666 时间: 2024-10-17 15:38
标题: 计算静电势输出结构出现问题求助
老师们好，这个是我计算的静电势图，带两个正电荷，输出结构与初始结构不对应

作者
Author: zzm666 时间: 2024-10-17 15:39
这是一个有机阳离子的静电势图，带两个正电荷，它的输出结构与初始结构不对应，可以帮忙看看吗？

作者
Author: pikachuupup 时间: 2024-10-17 16:54
上传输入输出文件，不是chk和mol文件

作者
Author: zzm666 时间: 2024-10-17 17:04
这个是全部的

作者
Author: zzm666 时间: 2024-10-17 17:04

pikachuupup 发表于 2024-10-17 16:54
上传输入输出文件，不是chk和mol文件

老师我发过了您看看

作者
Author: pikachuupup 时间: 2024-10-17 17:17

zzm666 发表于 2024-10-17 17:04
老师我发过了您看看

你这不是进行了结构优化吗，输出文件中的结构当然会变

作者
Author: zzm666 时间: 2024-10-17 17:27

pikachuupup 发表于 2024-10-17 17:17
你这不是进行了结构优化吗，输出文件中的结构当然会变

老师那我这个结构是没问题的吗？

作者
Author: pikachuupup 时间: 2024-10-17 18:06

zzm666 发表于 2024-10-17 17:27
老师那我这个结构是没问题的吗？

这不好说，你优化后的结构只是其中一个构象，这个体系柔性比较大，要做个构象搜索才靠谱

作者
Author: cokie 时间: 2024-10-17 19:30
如果你只想要静电势，且希望输入的结构不发生变化，那你就把输入文件里的OPT 和 FREQ两个关键词去掉，其他不变重新算一次就行。（但这么做的前提是你要确保输入文件中的结构来源足够可靠，比如：来自已发表的文献、书籍，单晶等等）

如果这个分子结构是你随便搭建的，那么你就需要在合适的环境里进行结构优化（即OPT）并确认无虚频（即做FREQ）后再进行ESP的绘制。

此外要考虑的问题还很多，比如8L提到的构象搜索、是否需要用隐式/显式溶剂模型、你希望模拟的体系是否支持你的有机盐电离、你所用的泛函是否要加色散和阻尼矫正（这个对于结构优化任务来说一般来说加上没什么坏处，所以基本都加）等等，需要你考虑周全。

但如果你只是希望得到一个ESP的结果简单看看，那你目前所得到的结果就可以直接绘图了，毕竟这个分子的ESP分布，只要有一些化学常识，不模拟心里都应该很清楚。

作者
Author: zzm666 时间: 2024-10-17 21:34

pikachuupup 发表于 2024-10-17 18:06
这不好说，你优化后的结构只是其中一个构象，这个体系柔性比较大，要做个构象搜索才靠谱

好的，感谢老师

作者
Author: zzm666 时间: 2024-10-17 21:36

cokie 发表于 2024-10-17 19:30
如果你只想要静电势，且希望输入的结构不发生变化，那你就把输入文件里的OPT 和 FREQ两个关键词去掉，其他 ...

谢谢老师的指导与补充，我再仔细学习学习。

作者
Author: zzm666 时间: 2024-10-18 09:40

cokie 发表于 2024-10-17 19:30
如果你只想要静电势，且希望输入的结构不发生变化，那你就把输入文件里的OPT 和 FREQ两个关键词去掉，其他 ...

老师我想问一下就是您提到的（构象搜索、是否需要用隐式/显式溶剂模型、你希望模拟的体系是否支持你的有机盐电离、你所用的泛函是否要加色散和阻尼矫正）这些在guassview里面就可以设置完成吗？还是说需要在别的软件里面完成

作者
Author: cokie 时间: 2024-10-18 13:32

zzm666 发表于 2024-10-18 09:40
老师我想问一下就是您提到的（构象搜索、是否需要用隐式/显式溶剂模型、你希望模拟的体系是否支持你的有 ...

可以在gview里完成的操作：
设置隐式溶剂模型：gaussian calculation setup - solvation）；
添加色散矫正和阻尼矫正：gaussian calculation setup - additional keywords里填写em=gd3bj；
上述操作均可以在高斯输入文件（.gjf）中手动填写，也建议你这么去做。

无法或不建议在gview里完成的操作
构象搜索：需要其他程序配合，具体方法可以参考sob老师的博文进行相关操作（http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html，http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html）；
显式溶剂模型的构建：可以手动在gview里一个一个添加，但需要你有足够的化学直觉来判断显式溶剂应该如何摆放，建议通过动力学生成。（参考博文：http://sobereva.com/406）；
判断体系：需要化学知识和经验，具体情况具体分析。

上述内容也只是考量的其中一部分维度，是否严谨还需要根据你具体的实验目的，实验现实条件等等做全方位考量后，再进行。

作者
Author: zzm666 时间: 2024-10-18 15:58

cokie 发表于 2024-10-18 13:32
可以在gview里完成的操作：
设置隐式溶剂模型：gaussian calculation setup - solvation）；
添加色散 ...

好的，感谢老师您

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)