计算化学公社

标题: 【已解决】高斯结合计算结果非常不准确，想知道计算离子之间结合能的具体步骤和... [打印本页]

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Author: 2995907819 时间: 2024-10-17 20:06
标题: 【已解决】高斯结合计算结果非常不准确，想知道计算离子之间结合能的具体步骤和...
本帖最后由 2995907819 于 2024-11-1 19:36 编辑

新手想复现文献中的一个pam(聚丙烯酰胺两个单位长度)和一个so2-之间的结合能，使用高斯画出两个分子结构，分别用cam-b3lyp def2tzvp em=gd3bj opt freq进行优化，按照文献里静电势符合的位置拼接，得到复合结构的输入文件再进行优化，然后从输出文件里获取两个分子在复合结构中的优化后的空间位置，把这两个分子的空间位置复制进输入文件，对这两个输入文件和复合结构的输入文件cam-b3lyp def2tzvpp em=gd3bj进行单点能计算，用EAB-EA-EB得到真空状态下的结合能，pam，so4-和复合结构的输入文件里的电子和自旋状态那行分别写的是0 1，-2 1和-2 1。高斯版本是16A03，结果应该是-22.3kcal/mol，自己反复得到的是这个数字的三倍以上，想知道自己哪里出错了，相同方法计算hf和h2o没有问题。附带输入文件，敬请大佬们解惑。

作者
Author: exity 时间: 2024-10-17 22:20
你是想说硫酸根吗？真空里哪来的硫酸根，结合溶剂再算一次看看（虽然我并不看好能对结果有多少改进。）
您提到“结果应该是...”，这个应该从何而来？

作者
Author: fatpig 时间: 2024-10-18 09:56
负离子，你总得加个弥散函数吧...

作者
Author: 2995907819 时间: 2024-10-18 10:39

exity 发表于 2024-10-17 22:20
你是想说硫酸根吗？真空里哪来的硫酸根，结合溶剂再算一次看看（虽然我并不看好能对结果有多少改进。）
您 ...

溶液换成水也试过，效果也确实还不好，文章里对他们分子动力学模拟这么说的，All molecular dynamics (MD) simulations were performed using the GROMACS 2021.3 package[5] with the computational model constituted by the initial configurations of 1 PAM, 5 HPC, 11 SO42-, 22 H3O+ and 410 water molecules (no HPC for the PAM system).关于优化部分只提到了基组泛函色散矫正，这个情况我是不是之后所有优化计算单点能应该加scrf=(smd,solvent=water)。
‘应该是’是根据文献里的结果。
敬请指教

作者
Author: 2995907819 时间: 2024-10-18 11:08

fatpig 发表于 2024-10-18 09:56
负离子，你总得加个弥散函数吧...

感谢这个重要信息，这我之前不知道，刚刚看了Sobereva老师的一篇介绍文章，有这么一段‘def2-SVPD、TZVPD、TZVPPD、QZVPD、QZVPPD基组：在JCP,133,134105中提出，是分别对def2-系列的SVP、TZVP、TZVPP、QZVP、QZVPP基组加上弥散函数。弥散函数的指数通过优化原子的HF极化率得到。’ 那么我直接把基组def2-TZVP换成def2-TZVPD就算加上弥散函数了么，因为算的比较慢，想知道文件正确输入方法，非常感谢

作者
Author: fatpig 时间: 2024-10-19 10:08

2995907819 发表于 2024-10-18 11:08
感谢这个重要信息，这我之前不知道，刚刚看了Sobereva老师的一篇介绍文章，有这么一段‘def2-SVPD、TZVPD ...

那些不是gaussian自带的，需要你手动输入自定义基组，不会的话可以网上搜搜。

懒的话，也可以先把你的单点能计算中的 def2tzvpp 换成 6-311++G(d,p) 试试，粗略看看有没有什么改善。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-10-20 15:18

2995907819 发表于 2024-10-18 11:08
感谢这个重要信息，这我之前不知道，刚刚看了Sobereva老师的一篇介绍文章，有这么一段‘def2-SVPD、TZVPD ...

给def2以ma-方式加弥散函数的Gaussian格式的基组定义文件（含所有def2支持的元素）
http://sobereva.com/509（http://bbs.keinsci.com/thread-14370-1-1.html）

cam-b3lyp根本就不该拿来用于算相互作用能的目的，仔细看此文
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272（http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html）
用B3LYP-D3(BJ)

作者
Author: 2995907819 时间: 2024-10-21 14:15

sobereva 发表于 2024-10-20 15:18
给def2以ma-方式加弥散函数的Gaussian格式的基组定义文件（含所有def2支持的元素）
http://sobereva.com ...

因为文献使用的这这些基组泛函并且算出了较为合理的结果，所以没有挑选更合适的，这一次我在继续使用#P CAM-B3LYP/Def2TZVP opt freq EmpiricalDispersion=GD3BJ scrf=(smd,solvent=water)优化后的结果，然后提取出它们坐标位置，对三个用#p B3LYP/GEN scrf=(smd,solvent=water) empiricaldispersion=gd3bj 计算单点能（基组是TZVPD），得出的结合能与之前结果确实有很大差异@fatpig ，是正常结果的四分之一左右而不是之前的四五倍，由于优化在笔记本上的时间略长，在尝试使用通用基组泛函重新优化的过程中，想知道是不是优化也不能使用CAM-B3LYP/Def2TZVP，还是因为输入文件里两个分子的结构位置有更高的要求，我已经尽量让结合位点距离尽量接近文献里位置了。

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