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标题: 求助我的溶液体系，在运行分子动力学过程中，会出现真空区域 [打印本页]

作者
Author: herui 时间: 2024-10-17 20:44
标题: 求助我的溶液体系，在运行分子动力学过程中，会出现真空区域
我最先使用的系综为fix 1 all npt temp 300 300 0.05 iso  1 1 0.5  ，步长是0.0005，跑了10万步，能量就出现问题，能量在8万步左右就突然下降，查看体系出现了真空区域。
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后来我查找解决方法，先用nvt，在使用npt，仍然不行。
# NVT步骤 ${TAU_T}等于  0.05
fix 2 all nvt temp 1000 300 ${TAU_T}
run 10000
unfix 2

fix 3 all nvt temp 300 300 ${TAU_T}
run 10000
unfix 3
接着npt
# NPT步骤缓慢加压 ${TEMP} 等于300 ${TAU_T} 等于0.05  ${TAU_P} 等于0.5
fix 2 all npt temp ${TEMP} ${TEMP} ${TAU_T} iso 0.01 0.05  ${TAU_P}
run          10000
timestep       0.0005
unfix 2

# NPT步骤缓慢加压
fix 2 all npt temp ${TEMP} ${TEMP} ${TAU_T} iso 0.05 0.1  ${TAU_P}
run          10000
timestep       0.0005
unfix 2

# NPT步骤缓慢加压
fix 2 all npt temp ${TEMP} ${TEMP} ${TAU_T} iso 0.1 1  ${TAU_P}
run          10000
timestep       0.0005
unfix 2

# NPT步骤恒温加压
fix 2 all npt temp ${TEMP} ${TEMP} ${TAU_T} iso  1 1  ${TAU_P}
run          10000
timestep       0.0005
unfix 2

，跑出来的结构仍然会出先真空区域。求住各位大神救命啊。

作者
Author: herui 时间: 2024-10-17 20:46
有遇到过相同问题的老师和同学，相互交流，谢谢大家

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