计算化学公社

标题: 关于sobtop生成的小分子配体文件导入模拟topol文件的问题 [打印本页]

作者
Author: 雨中宇 时间: 2024-10-18 14:44
标题: 关于sobtop生成的小分子配体文件导入模拟topol文件的问题
我按照教程将小分子配体生成相应的gro和itp文件，将gmx形成的蛋白质gro文件与小分子gro文件合并。在重新编译topol文件时，将小分子itp文件先生成位置限制文件posre_MOL.itp,导入到小分子itpMOL。itp文件末尾，具体为#ifdef POSRES
#include "posre_MOL.itp"
#endif
然后将小分子配体itp文件引入总topol文件
在总立场参数文件后面
加入#include ligand topologies
#include "MOL.itp"
下边是蛋白质分子类型以及蛋白质其他信息，在最后一行加入配体名称和分子数，在添加离子过程中报错，说是二面角有问题具体报错如下
我就换了一种构建topol文件的方法，将小分子配体itp文件从atomtype 开始全部复制，复制到蛋白质分子类型之上，并且在配体二面角下加入位置限制文件信息#ifdef POSRES
#include "posre_MOL.itp"
#endif
能够进行正常模拟，请问一下，我这么操作有问题吗，我之前了解到引入的各文件会在机器读取的时候展开，所以我按顺序加入了配体位置限制文件，请问一下这样加可以吗

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)