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标题: 请教蛋白质上氨基酸位点突变问题 [打印本页]

作者
Author: huhq 时间: 2024-10-18 15:25
标题: 请教蛋白质上氨基酸位点突变问题
本帖最后由 huhq 于 2024-10-18 15:31 编辑

蛋白质上氨基酸位点突变用什么工具好？我用WHAT IF服务器出现以下信息，什么原因呢？谢谢！
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作者
Author: sobereva 时间: 2024-10-20 15:46
Swiss PDB Viewer、pdbfixer也都可以实现突变

作者
Author: huhq 时间: 2024-10-20 21:27
多谢sob老师。

作者
Author: mangmw 时间: 2026-1-29 11:27

sobereva 发表于 2024-10-20 15:46
Swiss PDB Viewer、pdbfixer也都可以实现突变

sob老师好，请问用pdbfixer进行突变后的蛋白结构可以直接用于gromacs动力学模拟吗，操作是否和常规蛋白模拟一样呀，还是需要额外处理

作者
Author: sobereva 时间: 2026-1-29 16:10

mangmw 发表于 2026-1-29 11:27
sob老师好，请问用pdbfixer进行突变后的蛋白结构可以直接用于gromacs动力学模拟吗，操作是否和常规蛋白模 ...

一样。
不需要额外处理。至少你先跑着试试，不行的话再仔细检查结构看是否有什么问题

作者
Author: student0618 时间: 2026-1-29 18:16
For GUI, can try:

PyMOL: Wizard -> Mutagenesis
UCSF Chimera or UCSF ChimeraX: Tools -> Structure Editing -> Rotamers

作者
Author: mangmw 时间: 2026-2-26 11:28

sobereva 发表于 2026-1-29 16:10
一样。
不需要额外处理。至少你先跑着试试，不行的话再仔细检查结构看是否有什么问题

好的好的谢谢您！

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