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标题: MOF材料结构优化怎么截取片段 [打印本页]

作者
Author: Mortal 时间: 2024-10-18 17:19
标题: MOF材料结构优化怎么截取片段
各位老师同学好，我想知道MOF材料怎么做结构优化的？，目前我问道的是截取想要片段用于优化，但我不知道怎么截取，截取选项在哪（用的是materials studio软件）？，希望能有哪位大佬帮忙解答

作者
Author: cokie 时间: 2024-10-18 17:44
用gaussian这类程序的话，常规操作一般是直接把MOF的重复单元裁出来，然后给有机配体被截断的C-C单键用H封端即可，情况特殊的话就要具体问题具体分析。.
MS可以做周期性体系，虽然我没有用过，但猜测应该和CP2K一样，可以直接以单晶的pdb之类文件作为输入文件，不需要专门封端或者截取吧。

作者
Author: Mortal 时间: 2024-10-18 19:45

cokie 发表于 2024-10-18 17:44
用gaussian这类程序的话，常规操作一般是直接把MOF的重复单元裁出来，然后给有机配体被截断的C-C单键用H封 ...

这个重复单元是最小的晶胞吗？，我做的这个材料最小的重复单元都有八个一模一样的平面结构单元组成的，只是取向不同，那么我是要这个重复结构来做还是截取这个平面结构来做呢？

作者
Author: cokie 时间: 2024-10-18 21:20

Mortal 发表于 2024-10-18 19:45
这个重复单元是最小的晶胞吗？，我做的这个材料最小的重复单元都有八个一模一样的平面结构单元组成的，只 ...

不是晶胞，因为要当“孤立分子”来算，所以所取的MOF片段需要能基本涵盖你所研究的MOF的全部特征
没有图片，单从文字描述很难帮到你如何选取，最好找知道你MOF结构的有经验的人帮你参考。

作者
Author: Mortal 时间: 2024-10-18 22:20
本帖最后由 Mortal 于 2024-10-18 22:24 编辑

cokie 发表于 2024-10-18 21:20
不是晶胞，因为要当“孤立分子”来算，所以所取的MOF片段需要能基本涵盖你所研究的MOF的全部特征
没有图 ...

C:\Users\pyj\Desktop\0111ca87-fcf8-42e9-bb91-10590685c88d.pngC:\Users\pyj\Desktop\75a52a07-c753-4959-b889-372bb8a5f8cf.png
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第一张图是从晶体数据库导出来对的，第二章是点了那个原胞选项得到的，第三章是文献里的图，你的意思是就跟文献给的示意图一样当个分子来优化吗?

作者
Author: cokie 时间: 2024-10-18 22:35

Mortal 发表于 2024-10-18 22:20
第一张图是从晶体数据库导出来对的，第二章是点了那个原胞选项得到的，第三章是文献里的图，你的意思 ...

说实话这个图也很抽象哈哈，我甚至分辨不出来哪些是金属，既能看到6配位的红球也能看到6配位的青色球。
不过只针对这句，“你的意思是就跟文献给的示意图一样当个分子来优化吗”，如果你是想研究其光学性质的话，是的。

作者
Author: Mortal 时间: 2024-10-19 08:55

cokie 发表于 2024-10-18 22:35
说实话这个图也很抽象哈哈，我甚至分辨不出来哪些是金属，既能看到6配位的红球也能看到6配位的青色球。
...

我是想研究催化活性的。红球是氧（文章说是水和羟基的配位），青色球是金属中心，那么优化的时候考虑水和羟基的配位吗？

作者
Author: fuhua 时间: 2024-10-19 09:02
我是做mil125的，围绕金属节点周围截取，配体氢原子代替

作者
Author: Mortal 时间: 2024-10-19 09:30
本帖最后由 Mortal 于 2024-10-19 09:35 编辑

fuhua 发表于 2024-10-19 09:02
我是做mil125的，围绕金属节点周围截取，配体氢原子代替

那你的是保留下图的整个单元吗，还是只保留有一个金属中心的就行？

作者
Author: fuhua 时间: 2024-10-19 09:41

Mortal 发表于 2024-10-19 09:30
那你的是保留下图的整个单元吗，还是只保留有一个金属中心的就行？

围绕一个金属中心优化其他原子限制住

作者
Author: Mortal 时间: 2024-10-19 10:02

fuhua 发表于 2024-10-19 09:41
围绕一个金属中心优化其他原子限制住

你的意思是要将多余部分直接删掉，用氢来补断裂的键，并固定所有配体原子位置吗？

作者
Author: fuhua 时间: 2024-10-22 09:03

Mortal 发表于 2024-10-19 10:02
你的意思是要将多余部分直接删掉，用氢来补断裂的键，并固定所有配体原子位置吗？

氢来补缺失的配体引起的电荷损失保留一个金属节点即可其他金属节点固定或者删掉

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