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标题: 不同版本GROMACS的模拟结果会差距很大，以至于不能用么 [打印本页]

作者
Author: jilinstu 时间: 2024-10-18 17:59
标题: 不同版本GROMACS的模拟结果会差距很大，以至于不能用么
我采用2023.05版本的GROMACS提取数据，使用了名叫gmx_mmpbsa.bash的脚本，但是我原先使用的是2016版本的gromacs，我将其计算结果使用g_mmpbsa提取数据，结果两次数据差距很大，相差60左右，后续我又用gmx_mmpbsa.bash提取了2016版本gromacs算出的轨迹文件，发现与之前两个结果差距也很大。三个结果都具有较明显的差距。请问大家知道是什么原因导致的？然后针对2023版gromacs我应该用什么方法提取数据（54A7立场）？gmx_mmpbsa.bash及能量结果如附件

作者
Author: sobereva 时间: 2024-10-20 16:06
https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/ 这才是gromacs用户如今正经做MMPBSA用的程序

作者
Author: jilinstu 时间: 2024-12-4 19:59

sobereva 发表于 2024-10-20 16:06
https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/ 这才是gromacs用户如今正经做MMPBSA用的程序

sob老师好，我了解了一下这个程序，发现里面有个套件是要求AmberTools 20或21,目前这个AmberTools好像只有24版的可供下载，可以用这个24的代替么

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-4 20:50

jilinstu 发表于 2024-12-4 19:59
sob老师好，我了解了一下这个程序，发现里面有个套件是要求AmberTools 20或21,目前这个AmberTools好像只 ...

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