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标题: 关于在绘制表面静电势图时静电势电荷的选择问题 [打印本页]

作者
Author: tsgyls 时间: 2024-10-20 11:42
标题: 关于在绘制表面静电势图时静电势电荷的选择问题
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本意是想要绘制如文献所示的分子表面静电势分布图，因为该结构包含有阳离子，所以参照http://sobereva.com/196一文中的方法，对分子进定量分子表面分析，得到极大值与极小值作为刻度极值

目前的问题
在对分子进定量分子表面分析，除了ESP电荷，还有其他种类可以选择
考虑到该结构空腔内部可能会存在屏蔽等因素，sob在一篇博文中指出“拟合静电势方法有个很大局限性就是对深度包埋的原子注定没法得到能真实反映其带电状态的原子电荷”（http://sobereva.com/441）
因此想问直接用ESP做分子表面分析是否合理，或者用其他的电荷会有更好的结果

作者
Author: sobereva 时间: 2024-10-20 13:12
直接按下文做就完了，完全不牵扯到原子电荷的事，这个体系也没多大，毫无必要基于原子电荷近似计算表面静电势
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://sobereva.com/443（http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html）

作者
Author: tsgyls 时间: 2024-12-9 16:42
本帖最后由 tsgyls 于 2024-12-9 20:16 编辑

sobereva 发表于 2024-10-20 13:12
直接按下文做就完了，完全不牵扯到原子电荷的事，这个体系也没多大，毫无必要基于原子电荷近似计算表面静电 ...

sob老师，我按照您之前说的做了VMD的表面着色图。现在我需要补充一个数据计算极值点，用于比较多个类似的结构中电荷的分布。那我想了解这种结构直接用该流程可以吗？还是说需要换一种电荷？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-10 03:41

tsgyls 发表于 2024-12-9 16:42
sob老师，我按照您之前说的做了VMD的表面着色图。现在我需要补充一个数据计算极值点，用于比较多个类似的 ...

可

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