计算化学公社

标题: 求：不同小分子化合物之间弱相互作用研究的建议 [打印本页]

作者
Author: xihuauniv 时间: 2017-1-12 11:32
标题: 求：不同小分子化合物之间弱相互作用研究的建议

先声明：在下所学专业为医药，无计算化学背景，想搞点跨学科的摸索，但从头学起需耗大量时间和精力，故想请计算化学专业人士指点迷津，望不吝指导，在此先行谢过。

我想探索的是，两个不同小分子化合物，例如一个生物碱（如麻黄碱）和一个黄酮（如芦丁），在同一体系（如水溶液）中，它们之间是否有弱相互作用，应该从哪些方面研究弱相互作用?
由于相关文献较少（目前相关文献多集中在小分子与大分子之间），计算化学又未完全入门，因此恳请专业人士指点，谢谢！

作者
Author: teller3531 时间: 2017-1-12 11:50
找个人合作下。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-1-12 12:18
分析方法仔细看这几篇
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用
http://sobereva.com/186
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68

如果通过量化计算，就构建二聚体，在隐式溶剂模型下计算结合能、结合构型等等，计算级别建议看
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214

不同结合构型会各有一定比例，可以计算自由能后通过boltzmann分布考察，看
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例
http://sobereva.com/165

如果要从分子动力学角度研究，一般就用gromacs。MS里的Forcite比较傻瓜化但要钱

作者
Author: ggdh 时间: 2017-1-12 12:25
本帖最后由 ggdh 于 2017-1-12 12:42 编辑

所有的分子之间都有弱相互作用。
但是这种相互作用是否有意义要根据上下文决定。
如果只是发文章灌水，可以忽略上下文，而只是关注相互作用本身。
具体步骤：
1.用构象搜索研究两个分子复合物的最优构象。（推荐使用schrodinger中的macromodel，或者是molclus）
2.参考《大体系弱相互作用计算的解决之道》用gaussian或者orca计算分子间相互作用能的大小（考虑BSSE）。
3.参考使用Multiwfn图形化研究弱相互作用，做出RDG图对弱相互作用进行直观观察。
4.用sapt的方法做能量分解。看看相互作用能的的成分。推荐使用psi4
看了社长大大的，发现我这里只包括量化方面的单纯研究，包括动力学方面的多尺度研究还请参考楼上。

作者
Author: xihuauniv 时间: 2017-1-12 17:03
感谢sobereva、ggdh的指导！

这种弱相互作用在药物领域的意义很多，例如可深入理解复方中一种药物对另一种药物溶出的影响。
原本我只考虑到了氢键、范德华力，想知道的首先是还有哪些具体的弱相互作用需要计算；然后才是具体步骤和操作过程。

作者
Author: ChrisZheng 时间: 2017-1-12 20:51
在医药领域「共晶」是一个热门的研究方向可以看下最近的几篇综述：

1. Chem. Commun.,2016, 52, 8342
2. Chem. Commun., 2016, 52, 640

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