计算化学公社

标题: 怎么通过Multiwfn绘制结构优化的几何构型 [打印本页]

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Author: 星星到齐了吗 时间: 2024-10-21 08:25
标题: 怎么通过Multiwfn绘制结构优化的几何构型
有没有大佬知道怎么通过Multiwfn绘制结构优化的几何构型，就是看起来更好看一点，或者哪有教程

作者
Author: sobereva 时间: 2024-10-21 09:33
“结构优化的几何构型”指代不明，什么程序算的、什么格式都不说清楚。诸如Gaussian、ORCA做几何优化任务，Multiwfn打开输出文件直接载入的就是最后一帧的结构。之后进主功能0能看到结构，效果设置具体看下文
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269（http://bbs.keinsci.com/thread-462-1-1.html）
谈谈与计算化学有关的作图的图像清晰问题
http://sobereva.com/607（http://bbs.keinsci.com/thread-24177-1-1.html）

作者
Author: Loading0760 时间: 2024-10-21 10:06
通过Multiwfn绘制结构优化的几何构型?
你要的是什么,是对一个已经优化好的构型可视化,还是你需要一个优化好的构型.
Multiwfn是一个后处理程序,帮助我们分析波函数的,你如果单纯是想要让你的分子好看,你应该学习的是VMD之类的可视化软件.

作者
Author: 星星到齐了吗 时间: 2024-10-21 16:18

Loading0760 发表于 2024-10-21 10:06
通过Multiwfn绘制结构优化的几何构型?
你要的是什么,是对一个已经优化好的构型可视化,还是你需要一个优化 ...

是已经优化好了，然后想更好看一点，一般我看是Multiwfn和VMD结合起来，但是没找见教程

作者
Author: xsc6 时间: 2024-10-21 17:05

星星到齐了吗发表于 2024-10-21 16:18
是已经优化好了，然后想更好看一点，一般我看是Multiwfn和VMD结合起来，但是没找见教程

你直接把结构文件载入multiwfn，按0就能看了呀，再入vmd也能看，自己设置显示方式不就完了

作者
Author: 星星到齐了吗 时间: 2024-10-21 17:20

xsc6 发表于 2024-10-21 17:05
你直接把结构文件载入multiwfn，按0就能看了呀，再入vmd也能看，自己设置显示方式不就完了

好，我Multiwfn用的还不熟练，我去按照你说的试试

作者
Author: 星星到齐了吗 时间: 2024-10-21 18:11

xsc6 发表于 2024-10-21 17:05
你直接把结构文件载入multiwfn，按0就能看了呀，再入vmd也能看，自己设置显示方式不就完了

可以问一下在vmd怎么查看吗，我导入结构文件显示无效指令

作者
Author: Loading0760 时间: 2024-10-21 18:36

星星到齐了吗发表于 2024-10-21 16:18
是已经优化好了，然后想更好看一点，一般我看是Multiwfn和VMD结合起来，但是没找见教程

Multiwfn按0就能查看结构和轨道.
你可以根据教程,把一些你想要的信息导出成cub文件.如果只是化学结构,xyz/pdb/mol2格式对于VMD都是直接读取的.VMD不支持Gaussian的gjf/com/log/out文件.

下面两个链接讲到了cub文件和VMD的使用.
http://sobereva.com/402
http://bbs.keinsci.com/thread-18150-1-1.html

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Author: xsc6 时间: 2024-10-23 21:36

星星到齐了吗发表于 2024-10-21 18:11
可以问一下在vmd怎么查看吗，我导入结构文件显示无效指令

我不知道你导入的格式是什么，vmd无法识别Gaussian输出的out文件，利用gview将最后一帧存为pdb文件即可

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