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标题: 求硝酸根GAFF力场参数 [打印本页]

作者
Author: wanzongliang 时间: 2024-10-22 10:31
标题: 求硝酸根GAFF力场参数
请问硝酸根的GAFF力场参数可以用sobtop生成吗，或者有什么文献可以推荐一下吗

作者
Author: 牧生 时间: 2024-10-22 12:37
请看介绍sobtop的例子

例2：产生苯甲酸甲酯的GROMACS的拓扑和gro文件：参数完全基于GAFF的

作者
Author: wanzongliang 时间: 2024-10-22 14:02

牧生发表于 2024-10-22 12:37
请看介绍sobtop的例子

例2：产生苯甲酸甲酯的GROMACS的拓扑和gro文件：参数完全基于GAFF的

万分感谢，我主要是不确定sobtop是否可以生成这种离子参数

作者
Author: sobereva 时间: 2024-10-23 12:42

wanzongliang 发表于 2024-10-22 14:02
万分感谢，我主要是不确定sobtop是否可以生成这种离子参数

硫酸根、硝酸根、铵根等等任何多原子离子的拓扑信息原理上都可以用sobtop产生。北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里有个水中硫酸根+硝酸根+铵根的模拟例子，都是sobtop产生的拓扑信息（GAFF力场+RESP2(0.5)电荷），表现得很好

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作者
Author: wanzongliang 时间: 2024-10-25 16:47

sobereva 发表于 2024-10-23 12:42
硫酸根、硝酸根、铵根等等任何多原子离子的拓扑信息原理上都可以用sobtop产生。北京科音分子动力学与GROM ...

感谢sob老师

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