计算化学公社

标题: 使用Multiwfn进行IGM分析以及利用绘制δg_inter等值面图遇到问题 [打印本页]

作者
Author: lmtt 时间: 2024-10-22 16:57
标题: 使用Multiwfn进行IGM分析以及利用绘制δg_inter等值面图遇到问题
我在使用Multiwfn进行IGM分析以及利用绘制δg_inter等值面图有些疑问，想请教一下几个问题：
1.跑完蛋白配体复合物的动力学模拟后，想对模拟后的复合物进行IGM分析，请问是提取某一帧的结构构象进行IGM分析还是提取间隔固定时间导出帧进行分析呢？
2.我是提取了蛋白配体复合物某一帧的结构构象，把pdb文件导入Multiwfn进行IGM分析，参考通过独立梯度模型(IGM)考察分子内和分子间的弱相互作用 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元中的例3进行分析的，请问我这样操作是否正确呢？
3.我在利用VMD来绘制sign(lambda2)rho填色的δg_inter等值面图是，在命令行窗口输入source IGM_inter.vmd看到的图像体系很大（如图1所示），导致我分不清蛋白质和配体，请问该怎么把二者区分呢？又应该怎么把蛋白质删掉呢？

作者
Author: 牧生 时间: 2024-10-22 21:02
http://sobereva.com/597

挖出需要分析的部分

作者
Author: sobereva 时间: 2024-10-23 13:08
1 如果提取一批帧分析，那是我提出并且在Multiwfn里已实现的aIGM（average IGM），而不是IGM。类似于NCI和aNCI的关系，参考下文
一篇最全面介绍各种弱相互作用可视化分析方法的文章已发表！
http://sobereva.com/667（http://bbs.keinsci.com/thread-37629-1-1.html）

2、3 你的蛋白质太大，如2L说的，建议把感兴趣的区域截出来再算。对于IGM分析来说截断的地方不需要加氢饱和
并且恰当使用VMD的选择语句达到尽可能好的效果，参考下文的图
使用Multiwfn做aNCI分析图形化考察动态过程中的蛋白-配体间的相互作用
http://sobereva.com/591（http://bbs.keinsci.com/thread-21826-1-1.html）

选择语句的知识：
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

作者
Author: lmtt 时间: 2024-10-26 19:50

牧生发表于 2024-10-22 21:02
http://sobereva.com/597

挖出需要分析的部分

好的，我试一下，谢谢1

作者
Author: lmtt 时间: 2024-10-26 19:50

sobereva 发表于 2024-10-23 13:08
1 如果提取一批帧分析，那是我提出并且在Multiwfn里已实现的aIGM（average IGM），而不是IGM。类似于NCI和a ...

好的，谢谢老师！

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