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标题: 求助计算表面活性剂的界面形成能时报错 [打印本页]

作者
Author: 呀芽芽 时间: 2024-10-22 17:37
标题: 求助计算表面活性剂的界面形成能时报错
大家好，我做表面活性剂在油水界面上的分子动力学模拟。我的体系是油水油模型，我想算界面形成能IFE，需要算一个表面活性剂在真空中的能量Esurfactant，但是算这个的时候会报错。
我先用Packmol构建模拟盒子，里面只放一个表面活性剂，但是出来的模型是表面活性剂在盒子外面，如下图1。然后我就用editconf直接在GROMACS定义盒子，这次表活在盒子里，如下图2。
然后做了能量最小化和nvt模拟，接着跑md，但是md跑到一半就会报错，报错如下图3。
附上我的em、nvt和md的mdp文件。
后来我又按照科音培训班课件讲的真空模型得把md.mdp文件里所有关于压力的设定删掉，然后用了培训班卢老师给的em.mdp文件(把integrator =cg改成steep，因为我们实验室的显卡不支持双精度)，跑了以后还是同样的报错。

想请教一下各位大佬这个报错是因为什么啊？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-10-23 14:36
选择cg还是steep，跟双精度没关系。并且没有市售的GPU只支持单精度，只不过是双精度性能的强弱问题

你贴的mdp根本就不是我课上给的

没事别自己改fourierspacing，我课上提供的mdp从来没有自定义这个的

培训里明确说了，体系里有真空区时别用dispcorr

nvt.mdp总共才50000步，报错截图根本就不对应这个模拟

拓扑文件也不提供，没法判断更多信息

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