计算化学公社

标题: CHARMM里使用浮动电荷模型，蛋白质的温度很低是怎么回事？ [打印本页]

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Author: 退休老干部    时间: 2024-10-23 20:05
标题: CHARMM里使用浮动电荷模型，蛋白质的温度很低是怎么回事？
我在CHARMM里使用浮动电荷模型，它是在extended lagrange下，把电荷当做一个自由度来处理，双nose hoover热浴分别更新电荷和原子位置，跑了2ns，取最后一帧计算蛋白质的温度发现温度为85多K，而水和整个体系的温度为300多K，我想请问一下各位大佬这是出现热溶剂冷溶质现象了吗？还是说在这种模型下是正常的？或者是我计算温度的方法有问题？
这是我计算温度的python代码（最后一帧的原子速度和质量在附件中））：

1. vel_x = []
   
2. vel_y = []
   
3. vel_z = []
   
4. mass = []
   
5. Ek_prot = 0
   
6. Ek_wat = 0
   
7. Ek_tot = 0
   
8. kB = 0.00198716
   
9. freedom_prot = 1277
   
10. freedom_wat = 36984
    
11. with open("1fsv_vel_frame19999.crd") as fp:
    
12.     for line in fp:
    
13.         words = line.strip().split()
    
14.         if (len(words) == 10):
    
15.             vel_x.append(float(words[4]))
    
16.             vel_y.append(float(words[5]))
    
17.             vel_z.append(float(words[6]))
    
18. 
    
19. with open("1fsv_npt.psf") as fp:
    
20.     for line in fp:
    
21.         value = line.strip().split()
    
22.         if (len(value) == 11):
    
23.             mass.append(float(value[7]))   
    
24. 
    
25. for j in range(513):
    
26.     Ek_prot += mass[j]*(vel_x[j] ** 2 + vel_y[j] ** 2 + vel_z[j] ** 2)
    
27.    
    
28. for j in range(513,25169):
    
29.     Ek_wat += mass[j]*(vel_x[j] ** 2 + vel_y[j] ** 2 + vel_z[j] ** 2)
    
30.                
    
31. for j in range(25169):
    
32.     Ek_tot += mass[j]*(vel_x[j] ** 2 + vel_y[j] ** 2 + vel_z[j] ** 2)
    
33.    
    
34. temp_prot = Ek_prot / kB / freedom_prot
    
35. temp_wat = Ek_wat / kB / freedom_wat
    
36. temp_tot = Ek_tot / kB / (freedom_wat + freedom_prot)

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