计算化学公社
标题:
求助，聚合物塑料粒子模型加水后模拟报错的问题？
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作者Author:
zyp1999
时间:
2024-10-24 16:34
标题:
求助，聚合物塑料粒子模型加水后模拟报错的问题？
本帖最后由 zyp1999 于 2024-10-24 16:34 编辑
求助各位大佬，我前期用packmol建了sds包围的MMA粒子模型（图1），让它在水中跑完5ns的md之后提取出了sds+MMA的粒子构型，想复制几个之后再重新加水，组成体系（图2）去跑后续的过程。但是重新加完水之后就报错了，我试了把粒子附近的水去除，选取距离sds和MMA一定距离之外的水（
sameresidue as {water not within 15 of resname MMA SDS}
），也依旧报错，我猜测是存在一些不合理的接触，但是具体不知道如何处理，该怎么解决？
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