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标题: 将gromacs参数文件转换成amber参数文件，运行md没有速度 [打印本页]

作者
Author: watermelon_ 时间: 2024-10-28 11:18
标题: 将gromacs参数文件转换成amber参数文件，运行md没有速度
用gmx做了em npt nvt之后转成amber格式去跑md
转格式的代码用的是
import parmed as pmd
#convert GROMACS topology to AMBER format
gmx_top = pmd.load_file("../topol.top", xyz="start.gro")
gmx_top.save("start.top", format="amber")
gmx_top.save("start.crd", format="rst7")

运行的in文件是
&cntrl
imin=0, irest=1, ntx=5,
ntpr=500000, ntwx=500000, ntwr=500000, nstlim=25000000,
dt=0.002, ntt=3, tempi=300,
temp0=300, gamma_ln=1.0, ig=-1,
ntp=2, ntc=2, ntf=2, cut=9,
ntb=2, iwrap=1, ioutfm=1,
/

输出的文件显示mdout文件显示| ERROR: I could not find enough velocities in start.crd
用gmx跑了一小段轨迹抽取了好多个拓扑结构试了下amber运行都是没有速度怎么办~~~~

作者
Author: student0618 时间: 2024-10-28 22:32
为什么不直接gromacs跑MD或amber跑equilibration？

作者
Author: watermelon_ 时间: 2024-10-29 13:48

student0618 发表于 2024-10-28 22:32
为什么不直接gromacs跑MD或amber跑equilibration？

之前amber跑系统崩溃了解决不了就拿gromacs准备的结构转成amber来试了

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