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标题: 模拟蛋白和多聚体糖类形成复合物的过程，有许多LINCS WARNING报错问题 [打印本页]

作者
Author: BlinBlin 时间: 2024-10-28 11:51
标题: 模拟蛋白和多聚体糖类形成复合物的过程，有许多LINCS WARNING报错问题
各位老师好:
我需要模拟蛋白和多聚体糖类形成复合物的过程。多糖通过charmm-gui获得pdb文件，然后在B3LYP-D3(BJ)/def2-SVP级别下对结构进行优化，然后在B3LYP-D3(BJ)/def2-TZVP级别下计算单点能同时产生分子表面静电势数据，最后调用Multiwfn产生RESP电荷。接着使用sobtop建立gaff力场下的拓扑结构。蛋白力场选用了amber14sb，但是在nvt时就出现了许多LINCS WARNING：
relative constraint deviation after LINCS:
bonds that rotated more than 30 degrees:
于是把蛋白和配体分别在水中进行模拟，发现单独模拟配体时还是出现该问题，于是把配体的模拟过程进行了多种尝试：

尝试了：
缩小了模拟步长1 fs乃至0.5 fs不加约束，采用不同方法能量最小化，采用双精度版本进行能量最小化，gen-temp = 310改为50K，设置退火，都没有解决问题。

下面是配体相关文件，还请老师们帮忙解决困惑，谢谢各位老师帮助。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-10-28 12:23
短的配体跑成功了再跑长的
另外，建议每个重复单元单独产生RESP电荷而别直接对整体产生，http://sobereva.com/soft/Sobtop里"关于给聚合物用RESP原子电荷"部分专门提到了
体系中有的是NH3有的是NH2，注意确保质子化状态没错

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