计算化学公社

标题: Gaussian#p 计算后gview-Results-PCM solvation cavity显示灰色 [打印本页]

作者
Author: hefnagxiaoji 时间: 2024-10-28 14:59
标题: Gaussian#p 计算后gview-Results-PCM solvation cavity显示灰色
Gaussian版本为G16
已经使用B3LYP/6-31G*对体系进行过几何优化，使用优化后结构进行单点计算。计算输入文件如下：
#P M052X/6-31G* scrf=SMD

Title Card Required

0,1
H    -4.070701919 -2.087845612 -0.022744915
C    -0.885057444    1.320945176    0.011495858
O    4.307758056    1.787075010    0.501255213
S    4.270038863    0.400642339    0.040016950
C    -3.884762135 -1.018964663 -0.014324835
O    5.096210652 -0.641113255    0.628673123
H    -5.475475345    1.989466608    0.002758185
C    -4.930039044 -0.099210126 -0.010948971
C    1.541391382    0.762322152    0.029286750
C    -4.658015583    1.274025269 -0.000164823
O    -0.638253442    2.520623111    0.012582721
C    2.571130237 -0.171764370    0.029569085
C    1.001115817 -1.990961788    0.012053415
H    0.763483314 -3.049337614    0.011234006
C    -2.283771323    0.808879338    0.004297484
H    -5.958478543 -0.449035819 -0.016560352
C    -1.459941064 -1.580390172 -0.009744882
H    1.739931472    1.828181304    0.053947387
O    4.612312844    0.428183703 -1.570729465
H    4.732155836    1.365539463 -1.815669034
H    -3.105428394    2.785082045    0.015279142
C    0.217495771    0.311103620    0.013841652
O    -1.689285187 -2.783564189 -0.022174445
C    -2.557562015 -0.574001623 -0.006434120
C    -0.052955164 -1.069487335    0.003428586
C    -3.341033807    1.726034891    0.007009080
H    3.146339428 -2.250155860    0.050473191
C    2.319396739 -1.548671601    0.027594015

计算后的输出文件见附件中所示。看了之前有关PCM 显示灰色的帖子，gview6.0.16通过File-open-选中这个out文件，勾选Read inermediate Geometries。gview显示结果如附图所示。
我看卢天老师当时上课的计算样例ethanol_water_#P中，使用的是“#P M052X/6-31G* SCRF=SMD”和我计算的基本上没有区别，并且都用的是进行过几何优化后的结构。但是这个结构就在gview中能观看PCM solvation cavity。
请问，我这个计算结果为什么看不了PCM solvation cavity呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-10-28 15:51
跟Gaussian版本有关

作者
Author: hefnagxiaoji 时间: 2024-10-28 16:20

sobereva 发表于 2024-10-28 15:51
跟Gaussian版本有关

卢老师您好
1.所以在这里我需要在更新gview的版本吗？g16的版本已经固定了吧，还是说我需要使用其他版本的Gaussian来运行一遍再观看结果呢？
2.同样在超算linux系统的g16跑出来的结果，也是无法观看PCM solvation cavity的。

作者
Author: paramecium86 时间: 2024-10-28 18:30
GV里能不能看到PCM solvation cavity主要是看输出文件里是否输出了 Spheres list 开头的一段。
根据我的经验来看。无论是A03还是C01版本的Gaussian16,
1. 当分子内的原子数小于20的时候默认会输出Sphere list 这部分。
2. 但是当分子多余20个原子。那就默认不输出。就看不到PCM solvation cavity。
想看到的话要按照官方说明书的写法用scrf(read,smd) 并且在输入文件末尾的额外溶剂信息部分加上 PrintSpheres 关键词。

作者
Author: hefnagxiaoji 时间: 2024-10-28 19:53

paramecium86 发表于 2024-10-28 18:30
GV里能不能看到PCM solvation cavity主要是看输出文件里是否输出了 Spheres list 开头的一段。
根据我的 ...

已解决，非常有经验的建议，谢谢。

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